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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ja4 | ||||||
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タイトル | Structure of the alginate epimerase/lyase | ||||||
![]() | mannuronan 5-epimerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / bifunctional epimerase/lyase | ||||||
機能・相同性 | ![]() mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / lyase activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fujiwara, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the minimal bifunctional alginate epimerase AlgE3 from Azotobacter chroococcum. 著者: Fujiwara, T. / Mano, E. / Nango, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 227.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52684.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: algE7, Achr_39570 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M sodium acetate, pH4.5-pH4.9, 24-30% w/v PEG 4000, 15% v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→48.51 Å / Num. obs: 42695 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 48.15 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 22.19 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 1.231 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 4254 / CC1/2: 0.803 / CC star: 0.944 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 1.286 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→48.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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