PDB-8j9c: Crystal structure of M61 peptidase (apo-form) from Xanthomonas ca...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j9c

タイトル

Crystal structure of M61 peptidase (apo-form) from Xanthomonas campestris

要素

Putative glycyl aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / M61 peptidase / glycyl aminopeptidase / apo-form

機能・相同性

機能・相同性情報

aminopeptidase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris pv. campestris B100 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Yadav, P. / Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of a newly identified M61 family aminopeptidase with broad substrate specificity that is solely responsible for recycling acidic amino acids.
著者: Jamdar, S.N. / Yadav, P. / Kulkarni, B.S. / Kumar, A. / Makde, R.D.

履歴

登録	2023年5月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j9c.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j9c.ent.gz	809 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j9dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative glycyl aminopeptidase

B: Putative glycyl aminopeptidase

C: Putative glycyl aminopeptidase

D: Putative glycyl aminopeptidase

ヘテロ分子

292 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, tetramer

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.842, 94.512, 144.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.170, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 22 through 31 or (resid 32...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 22 through 31 or (resid 32...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 22 through 49 or (resid 50...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 22 through 31 or (resid 32...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	22 - 129	42 - 149
d_1	2	SER	SER	MSE	MSE	A	A	131 - 179	151 - 199
d_1	3	THR	THR	TRP	TRP	A	A	181 - 453	201 - 473
d_1	4	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	455 - 479	475 - 499
d_1	5	SER	SER	ARG	ARG	A	A	481 - 626	501 - 646
d_2	1	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	22 - 129	42 - 149
d_2	2	SER	SER	MSE	MSE	B	B	131 - 179	151 - 199
d_2	3	THR	THR	TRP	TRP	B	B	181 - 453	201 - 473
d_2	4	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	455 - 479	475 - 499
d_2	5	SER	SER	ARG	ARG	B	B	481 - 626	501 - 646
d_3	1	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	22 - 129	42 - 149
d_3	2	SER	SER	MSE	MSE	C	C	131 - 179	151 - 199
d_3	3	THR	THR	TRP	TRP	C	C	181 - 453	201 - 473
d_3	4	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	455 - 479	475 - 499
d_3	5	SER	SER	ARG	ARG	C	C	481 - 626	501 - 646
d_4	1	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	22 - 129	42 - 149
d_4	2	SER	SER	MSE	MSE	D	D	131 - 179	151 - 199
d_4	3	THR	THR	TRP	TRP	D	D	181 - 453	201 - 473
d_4	4	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	455 - 479	475 - 499
d_4	5	SER	SER	ARG	ARG	D	D	481 - 626	501 - 646

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.356934144133, 0.228052492449, -0.905864270981), (0.185737121857, -0.93305248422, -0.308082429318), (-0.915477874291, -0.278217760716, 0.290680476306)	164.104374618, -16.1469807261, 111.488515814
2	given	(-0.739578983752, -0.672111701058, 0.035899694881), (-0.672820561716, 0.736801457713, -0.066604081286), (0.0183144348508, -0.0734130316265, -0.997133445565)	162.913511511, 66.0314786642, 68.4578270347
3	given	(0.117726150337, 0.443990971386, 0.888263795758), (0.447586047568, -0.82219854376, 0.351647955577), (0.88645771673, 0.356176321457, -0.295518433408)	55.4887392035, -64.3871391977, -37.6224261101

#1: タンパク質	Putative glycyl aminopeptidase 分子量: 72859.633 Da / 分子数: 4 / 変異: Q22A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris B100 (バクテリア) 遺伝子: XCCB100_3176 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: B0RY21
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.19 % / 解説: cuboid
結晶化	温度: 294 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-Cl pH 8.5, 0.1M NaCl, 16% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97434 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日 / 詳細: Mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97434 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→47.26 Å / Num. obs: 153445 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.76 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 30.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Num. unique obs: 5614 / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.217 / % possible all: 71.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→47.26 Å / SU ML: 0.1813 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6736
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1892	7680	5.01 %
R_work	0.1543	145702	-
obs	0.1561	153382	96.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18936	0	15	1859	20810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	19492
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5966	26507
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0428	2822
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3463
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.4289	2656

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.471171909695
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.384589295387
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.404118145702

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.2128	179	0.1794	3502	X-RAY DIFFRACTION	70.21
2.12-2.15	0.2727	221	0.1759	3759	X-RAY DIFFRACTION	74.76
2.15-2.18	0.2113	194	0.1718	4239	X-RAY DIFFRACTION	82.98
2.18-2.2	0.2338	238	0.1783	4634	X-RAY DIFFRACTION	92.69
2.2-2.23	0.2398	271	0.1664	4899	X-RAY DIFFRACTION	97.99
2.23-2.26	0.2266	236	0.1703	4935	X-RAY DIFFRACTION	97.92
2.26-2.29	0.2064	261	0.1687	4918	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.29-2.33	0.2086	271	0.1651	4956	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.33-2.37	0.2187	256	0.1726	4970	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.37-2.4	0.2167	278	0.1713	4907	X-RAY DIFFRACTION	98.26
2.4-2.45	0.1981	240	0.1751	4934	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.45-2.49	0.207	266	0.1757	4969	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.49-2.54	0.2372	257	0.1746	4945	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.54-2.59	0.2304	232	0.1681	4985	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.59-2.65	0.1965	282	0.1612	4942	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.65-2.71	0.2068	265	0.172	4986	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.71-2.78	0.2041	298	0.1721	4949	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.78-2.85	0.2223	249	0.1689	4967	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.85-2.93	0.2096	302	0.1717	4945	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.93-3.03	0.2385	267	0.177	4979	X-RAY DIFFRACTION	98.85
3.03-3.14	0.2162	264	0.1762	5014	X-RAY DIFFRACTION	98.78
3.14-3.26	0.2056	257	0.171	5003	X-RAY DIFFRACTION	98.97
3.26-3.41	0.188	283	0.155	4957	X-RAY DIFFRACTION	99.02
3.41-3.59	0.1635	258	0.149	5031	X-RAY DIFFRACTION	98.92
3.59-3.82	0.1784	230	0.1449	5052	X-RAY DIFFRACTION	98.99
3.82-4.11	0.1641	261	0.1328	5027	X-RAY DIFFRACTION	98.97
4.11-4.52	0.1383	269	0.1199	5023	X-RAY DIFFRACTION	99.12
4.52-5.18	0.1426	262	0.1167	5056	X-RAY DIFFRACTION	99.11
5.18-6.52	0.1655	256	0.1355	5099	X-RAY DIFFRACTION	99.41
6.52-47.26	0.1621	277	0.1493	5120	X-RAY DIFFRACTION	98.09

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.521121824422	0.0394009023817	-0.0367591034813	0.483384164486	0.142355864801	0.229459110756	0.0598511716209	-0.169928389037	-0.0697163191635	0.0801463103832	-0.0904120652958	0.068013546208	0.0387883942244	-0.0276278039509	0.0287343294103	0.196279243976	-0.0449239279087	0.0031032062856	0.261545542775	0.0458165633841	0.169138627752	120.288316111	-11.9458723029	65.7129422346
2	0.395265987772	-0.1754162988	-0.193265187198	1.12642607666	-0.0345783140993	1.22347266096	0.0233259445176	-0.0606569562085	-0.0849014292264	0.0203782160955	-0.0109441790152	0.0336939840433	0.00152899192305	-0.0375275263819	-0.0143868993501	0.159123150085	-0.0345497873014	0.00465972858351	0.23738117919	0.0439538503062	0.191373869745	137.198305771	-18.0539250652	49.5090052402
3	1.40347244857	-1.07336962212	0.771104478685	1.48187196024	-0.567982014883	0.758018989223	0.13218355049	0.243905785617	-0.177806346916	-0.203228812604	-0.132555305858	0.170302914313	0.134294336869	-0.0389831289107	-0.00635881021476	0.176857614301	-0.0102865707392	-0.014316098855	0.276377128405	-0.0309585100549	0.172398663351	122.111820805	-13.0510243323	28.2716993062
4	0.550745859674	0.0577994919978	-0.0790219930937	0.473982907816	-0.00927139556351	0.585122599243	0.0404026079883	0.0758595303074	0.0520060658129	0.0123472577058	-0.0354948981775	-0.0290524923808	-0.0208814008061	-0.0818064416181	-0.00579915740265	0.165766576455	-0.0132469267551	0.00568336694124	0.224902284852	0.0128752732665	0.20168569494	59.0123462002	-2.84964847208	23.7913477585
5	2.53436451417	-0.512111389742	-0.137016026725	0.630578820123	0.0822850712941	0.788280654411	0.0588607148356	0.208891194671	0.205307471735	-0.0305088048598	-0.0571553842518	0.025646243101	-0.202295440063	-0.00895486034314	-0.00756212773975	0.252963310079	-0.00324509171712	0.0188648386866	0.283053469813	0.0689810192712	0.204229726375	67.224203291	10.9005096609	5.55553560037
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 22 through 397 )	A	A	22 - 397	1 - 376
2	2	chain 'A' and (resid 398 through 519 )	A	A	398 - 519	377 - 498
3	3	chain 'A' and (resid 520 through 626 )	A	A	520 - 626	499 - 605
4	4	chain 'B' and (resid 22 through 397 )	B	C	22 - 397	1 - 376
5	5	chain 'B' and (resid 398 through 527 )	B	C	398 - 527	377 - 506
6	6	chain 'B' and (resid 528 through 626 )	B	C	528 - 626	507 - 605
7	7	chain 'C' and (resid 22 through 66 )	C	D	22 - 66	1 - 45
8	8	chain 'C' and (resid 67 through 397 )	C	D	67 - 397	46 - 376
9	9	chain 'C' and (resid 398 through 483 )	C	D	398 - 483	377 - 462
10	10	chain 'C' and (resid 484 through 513 )	C	D	484 - 513	463 - 492
11	11	chain 'C' and (resid 514 through 554 )	C	D	514 - 554	493 - 533
12	12	chain 'C' and (resid 555 through 626 )	C	D	555 - 626	534 - 605
13	13	chain 'D' and (resid 22 through 376 )	D	E	22 - 376	1 - 355
14	14	chain 'D' and (resid 377 through 513 )	D	E	377 - 513	356 - 492
15	15	chain 'D' and (resid 514 through 554 )	D	E	514 - 554	493 - 533
16	16	chain 'D' and (resid 555 through 626 )	D	E	555 - 626	534 - 605

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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