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- PDB-8j9b: LnaB-actin binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j9b
タイトルLnaB-actin binary complex
要素
  • Actin gamma 1
  • Type IV secretion protein Dot
キーワードTRANSFERASE / Legionella / AMPylation / Actin
機能・相同性
機能・相同性情報


basal body patch / tight junction assembly / protein localization to bicellular tight junction / profilin binding / regulation of transepithelial transport / morphogenesis of a polarized epithelium / regulation of stress fiber assembly / sarcomere organization / regulation of focal adhesion assembly / apical junction complex ...basal body patch / tight junction assembly / protein localization to bicellular tight junction / profilin binding / regulation of transepithelial transport / morphogenesis of a polarized epithelium / regulation of stress fiber assembly / sarcomere organization / regulation of focal adhesion assembly / apical junction complex / positive regulation of wound healing / filamentous actin / myofibril / regulation of synaptic vesicle endocytosis / phagocytic vesicle / calyx of Held / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / Schaffer collateral - CA1 synapse / angiogenesis / positive regulation of cell migration / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin gamma 1 / Type IV secretion protein Dot
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Chen, T.T. / Ouyang, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Legionella maintains host cell ubiquitin homeostasis by effectors with unique catalytic mechanisms.
著者: Fu, J. / Li, S. / Guan, H. / Li, C. / Zhao, Y.B. / Chen, T.T. / Xian, W. / Zhang, Z. / Liu, Y. / Guan, Q. / Wang, J. / Lu, Q. / Kang, L. / Zheng, S.R. / Li, J. / Cao, S. / Das, C. / Liu, X. / ...著者: Fu, J. / Li, S. / Guan, H. / Li, C. / Zhao, Y.B. / Chen, T.T. / Xian, W. / Zhang, Z. / Liu, Y. / Guan, Q. / Wang, J. / Lu, Q. / Kang, L. / Zheng, S.R. / Li, J. / Cao, S. / Das, C. / Liu, X. / Song, L. / Ouyang, S. / Luo, Z.Q.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin gamma 1
B: Actin gamma 1
C: Actin gamma 1
D: Actin gamma 1
E: Actin gamma 1
F: Actin gamma 1
H: Type IV secretion protein Dot
I: Type IV secretion protein Dot
J: Type IV secretion protein Dot
K: Type IV secretion protein Dot


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)455,52310
ポリマ－455,52310
非ポリマー00
水00
1
A: Actin gamma 1
B: Actin gamma 1
C: Actin gamma 1
D: Actin gamma 1
E: Actin gamma 1
F: Actin gamma 1
H: Type IV secretion protein Dot
I: Type IV secretion protein Dot
J: Type IV secretion protein Dot
K: Type IV secretion protein Dot

A: Actin gamma 1
B: Actin gamma 1
C: Actin gamma 1
D: Actin gamma 1
E: Actin gamma 1
F: Actin gamma 1
H: Type IV secretion protein Dot
I: Type IV secretion protein Dot
J: Type IV secretion protein Dot
K: Type IV secretion protein Dot


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)911,04620
ポリマ－911,04620
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
Buried area2950 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area30520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.577, 110.577, 407.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Actin gamma 1


分子量: 41838.766 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A8C6VAB1
#2: タンパク質
Type IV secretion protein Dot


分子量: 51122.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: C3927_12730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA44XJB8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG4000,Sodium HEPES,Ammonnium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→135 Å / Num. obs: 74997 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.23 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.42→3.61 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Num. measured all: 45713 / Num. unique obs: 10997 / CC1/2: 0.47 / Rpim(I) all: 0.358 / Rrim(I) all: 0.733 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.42→62.1 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 3802 -
Rwork0.287 --
obs-74997 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→62.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26805 0 0 0 26805

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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