PDB-8ipw: The sturecture of Legionella effector protein MavL with ADPR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ipw

タイトル

The sturecture of Legionella effector protein MavL with ADPR

要素

MavL

キーワード

PROTEIN BINDING / MavL / ADPR

機能・相同性

Chem-AR6 / :

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Ouyang, S. / Guan, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Legionella maintains host cell ubiquitin homeostasis by effectors with unique catalytic mechanisms.
著者: Fu, J. / Li, S. / Guan, H. / Li, C. / Zhao, Y.B. / Chen, T.T. / Xian, W. / Zhang, Z. / Liu, Y. / Guan, Q. / Wang, J. / Lu, Q. / Kang, L. / Zheng, S.R. / Li, J. / Cao, S. / Das, C. / Liu, X. / ...

履歴

登録	2023年3月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details Item: _audit_author.name / _chem_comp.name ..._audit_author.name / _chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ipw.cif.gz	291.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ipw.ent.gz	237.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ipw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ipjC 8j9bC 6omiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MavL

B: MavL

ヘテロ分子

81.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MavL

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MavL

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.790, 108.320, 129.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MavL 分子量: 40394.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_12725 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F2R2
#2: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: counter-diffusion 詳細: 0.25 M potassium citrate tribasic monohydrate,18%PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→29.11 Å / Num. obs: 30117 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.38→2.44 Å / Num. unique obs: 1970 / CC_1/2: 0.609

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4 (24-FEB-2021)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OMI

6omi

解像度: 2.35→25.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.432 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.419 / SU R_free Blow DPI: 0.257 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.263

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2566	1998	6.63 %	RANDOM
R_work	0.2095	-	-	-
obs	0.2126	30117	98.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9453 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	18.0131 Å²	0 Å²
3-	-	-	-16.0679 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→25.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5588	0	72	16	5676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	5802	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	7890	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1945	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		972	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5802	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.16
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.19
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		751	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4338	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.37 Å / Total num. of bins used: 51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3033	-	6.63 %
R_work	0.3172	563	-
all	0.3162	603	-
obs	-	-	99.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5054	-1.2747	-0.1832	2.2006	0.4503	0.51	0.0759	0.2556	0.3263	-0.0833	-0.0621	-0.3829	-0.0737	0.1047	-0.0138	-0.093	-0.0342	0.1058	-0.1007	0.0611	0.1553	-19.2433	-0.3188	-6.796
2	2.155	-0.8993	0.1938	2.5248	0.364	1.1777	-0.1163	-0.3423	0.4165	0.3748	-0.0143	-0.3873	0.0163	0.1683	0.1306	-0.0522	-0.0506	-0.0074	-0.1147	-0.0929	0.2104	-22.5416	7.6845	10.9255
3	1.4198	-0.0849	-0.6042	1.1203	1.3726	1.7623	0.052	0.1256	0.374	-0.0137	-0.1417	-0.0345	-0.078	-0.0418	0.0897	0.0063	-0.0108	0.0733	-0.1557	0.0253	0.2975	-33.7237	8.7392	0.0874
4	1.6682	-0.4802	-0.1051	2.0452	0.9235	1.4659	0.0027	0.6369	0.3486	-0.3153	-0.1335	0.0082	-0.1415	-0.0301	0.1309	-0.0457	-0.0051	0.0853	-0.1382	0.1607	0.1383	-30.5701	5.1773	-12.8835
5	2.06	2.3537	-0.401	7.7532	-0.5268	0.2772	0.1262	-0.1983	-0.0734	-0.0966	-0.0395	-0.0856	0.1429	-0.0402	-0.0867	0.0931	-0.018	-0.0472	0.0013	0.0418	-0.2065	-27.7388	14.7217	-42.9833
6	1.7965	0.4596	-0.3093	3.0359	-0.9388	1.0956	0.3593	-0.433	0.2215	0.4304	-0.2639	-0.1391	-0.1517	-0.0915	-0.0953	0.0609	-0.1488	-0.0064	0.0812	-0.1123	-0.2003	-26.5106	28.4393	-31.8687
7	2.3972	1.3075	0.3812	4.0704	-0.7145	2.0774	0.1529	0.1669	0.0458	-0.874	-0.4096	-0.7833	0.4815	0.4023	0.2567	0.0921	0.1361	0.149	-0.0737	0.0069	-0.1184	-18.5162	23.958	-52.0937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|42 - A\|161 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|162 - A\|282 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|283 - A\|347 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|348 - A\|404 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ B\|42 - B\|161 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|162 - B\|347 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|348 - B\|402 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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