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- PDB-8j9a: Solution structure of ABD3 (residues 453-561) of human MED15 isoform 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j9a
タイトルSolution structure of ABD3 (residues 453-561) of human MED15 isoform 2
要素Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
キーワードTRANSCRIPTION / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
機能・相同性
機能・相同性情報


core mediator complex / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / PPARA activates gene expression / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation ...core mediator complex / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / PPARA activates gene expression / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15 / : / : / ARC105/Med15 mediator subunit N-terminal KIX domain / ARC105/Med15 mediator subunit central domain / ARC105/Med15 mediator subunit C-terminal domain / Coactivator CBP, KIX domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing / torsion angle dynamics
データ登録者Zhang, H. / Li, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82172299 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of ABD3 (residues 453-561) of human MED15 isoform 2
著者: Zhang, H. / Li, Y.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4061
ポリマ－13,4061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15 / Activator-recruited cofactor 105 kDa component / ARC105 / CTG repeat protein 7a / Mediator complex ...Activator-recruited cofactor 105 kDa component / ARC105 / CTG repeat protein 7a / Mediator complex subunit 15 / Positive cofactor 2 glutamine/Q-rich-associated protein / PC2 glutamine/Q-rich-associated protein / TPA-inducible gene 1 protein / TIG-1 / Trinucleotide repeat-containing gene 7 protein


分子量: 13405.515 Da / 分子数: 1 / 断片: activator-binding domain 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED15, ARC105, CTG7A, PCQAP, TIG1, TNRC7 / プラスミド: pET-30a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RN5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D CBCANH
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D HNCO
191isotropic13D HN(CA)CO
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D C(CO)NH
1121isotropic13D H(CCO)NH
1131isotropic13D 1H-15N NOESY
1141isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MED15_ABD3, 20 mM HEPES, 200 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 6 % v/v D2O, 94% H2O/6% D2O
Label: 15N/13C_sample / 溶媒系: 94% H2O/6% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMED15_ABD3[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMHEPESnatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMTCEPnatural abundance1
6 % v/vD2Onatural abundance1
試料状態イオン強度: 200 mM / Label: condition_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
ARIA2alphaWolfgang Rieping, Michael Habeck, Benjamin Bardiaux, Aymeric Bernard, Therese E. Malliavin, Michael Nilgesstructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ARIA2alphaWolfgang Rieping, Michael Habeck, Benjamin Bardiaux, Aymeric Bernard, Therese E. Malliavin, Michael Nilges精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing2
torsion angle dynamics6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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