PDB-8j8l: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with L-dopa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j8l

タイトル

Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with L-dopa

要素

4F2 cell-surface antigen heavy chain
Large neutral amino acids transporter small subunit 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / complex / amino acid

機能・相同性

機能・相同性情報

L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-tryptophan transmembrane transporter activity / cellular response to L-arginine / alanine transport / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane ...L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-tryptophan transmembrane transporter activity / cellular response to L-arginine / alanine transport / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / isoleucine transport / valine transport / proline transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / amino acid import across plasma membrane / neutral amino acid transport / positive regulation of cytokine production involved in immune response / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / Tryptophan catabolism / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / exogenous protein binding / antiporter activity / anchoring junction / xenobiotic transport / Basigin interactions / microvillus membrane / response to muscle activity / positive regulation of interleukin-4 production / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interleukin-17 production / tryptophan transport / response to hyperoxia / transport across blood-brain barrier / cellular response to glucose starvation / positive regulation of glial cell proliferation / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / liver regeneration / peptide antigen binding / positive regulation of type II interferon production / calcium ion transport / melanosome / double-stranded RNA binding / cellular response to lipopolysaccharide / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å

データ登録者

Yan, R.H. / Li, Y.N. / Shi, T.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with L-dopa
著者: Yan, R.H. / Li, Y.N. / Shi, T.H.

履歴

登録	2023年5月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年7月17日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年7月17日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年7月17日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年7月17日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年7月17日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年7月17日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年7月17日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年7月17日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年7月17日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年3月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: em_admin / pdbx_database_related Item: _em_admin.last_update / _pdbx_database_related.content_type
改定 1.1	2025年3月12日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / pdbx_database_related / Data content type: EM metadata / EM metadata Item: _em_admin.last_update / _pdbx_database_related.content_type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j8l.cif.gz	180.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j8l.ent.gz	138.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j8l_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j8l_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8j8l_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	8j8l_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/8j8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/8j8l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	36073MC 37983C 8x0wC 8ida M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4F2 cell-surface antigen heavy chain

B: Large neutral amino acids transporter small subunit 1

ヘテロ分子

129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質

4F2 cell-surface antigen heavy chain / 4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation antigen 4F2 large subunit / Solute carrier ...

分子量: 70160.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, MDU1 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08195

#2: タンパク質

Large neutral amino acids transporter small subunit 1 / 4F2 light chain / 4F2LC / CD98 light chain / Integral membrane protein E16 / E16 / L-type amino ...

分子量: 57186.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A5, CD98LC, LAT1, MPE16 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01650

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-DAH / 3,4-DIHYDROXYPHENYLALANINE / L-DOPA / L-ド-パ

タイプ: L-peptide linking / 分子量: 197.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経伝達物質*YM

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with L-dopa タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 263809 / 対称性のタイプ: POINT

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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