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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j7u | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of hZnT7-Fab complex in zinc-bound state, determined in outward-facing conformation | ||||||||||||
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![]() | METAL TRANSPORT / zinc / proton / transporter / Golgi apparatus / metal transporter / histidine-rich loop | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() zinc ion import into Golgi lumen / Golgi cis cisterna membrane / zinc ion transmembrane transporter activity / intracellular zinc ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / cytoplasmic vesicle / vesicle / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus ...zinc ion import into Golgi lumen / Golgi cis cisterna membrane / zinc ion transmembrane transporter activity / intracellular zinc ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / cytoplasmic vesicle / vesicle / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | ||||||||||||
![]() | Han, B.B. / Inaba, K. / Watanabe, S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of human zinc transporter ZnT7 reveal the mechanism of Zn uptake into the Golgi apparatus. 著者: Han Ba Bui / Satoshi Watanabe / Norimichi Nomura / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Michio Inoue / Akihisa Tsutsumi / Hiroyuki Fujita / Kengo Kinoshita / Yukinari Kato / So Iwata / Masahide Kikkawa / Kenji Inaba / ![]() 要旨: Zinc ions (Zn) are vital to most cells, with the intracellular concentrations of Zn being tightly regulated by multiple zinc transporters located at the plasma and organelle membranes. We herein ...Zinc ions (Zn) are vital to most cells, with the intracellular concentrations of Zn being tightly regulated by multiple zinc transporters located at the plasma and organelle membranes. We herein present the 2.2-3.1 Å-resolution cryo-EM structures of a Golgi-localized human Zn/H antiporter ZnT7 (hZnT7) in Zn-bound and unbound forms. Cryo-EM analyses show that hZnT7 exists as a dimer via tight interactions in both the cytosolic and transmembrane (TM) domains of two protomers, each of which contains a single Zn-binding site in its TM domain. hZnT7 undergoes a TM-helix rearrangement to create a negatively charged cytosolic cavity for Zn entry in the inward-facing conformation and widens the luminal cavity for Zn release in the outward-facing conformation. An exceptionally long cytosolic histidine-rich loop characteristic of hZnT7 binds two Zn ions, seemingly facilitating Zn recruitment to the TM metal transport pathway. These structures permit mechanisms of hZnT7-mediated Zn uptake into the Golgi to be proposed. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 285.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 226.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36049MC ![]() 8j7tC ![]() 8j7vC ![]() 8j7wC ![]() 8j7xC ![]() 8j7yC ![]() 8j80C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43004.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24974.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 24140.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human ZnT7-Fab complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56678 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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