PDB-8j59: The structure of a novel thermophilic-like old yellow enzyme from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j59

タイトル

The structure of a novel thermophilic-like old yellow enzyme from Aspergillus flavus-AfOYE1

要素

NADPH dehydrogenase afvA

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Thermophilic-like / old yellow enzyme / alkenes / enantioselectivity

機能・相同性

機能・相同性情報

: / NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus flavus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Li, N. / Wang, Y.

資金援助

中国, 4件

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of a new thermophilic-like OYE from Aspergillus flavus.
著者: Li, N. / Wang, Y. / Meng, Y. / Lv, Y. / Zhang, S. / Wei, S. / Ma, P. / Hu, Y. / Lin, H.

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j59.cif.gz	408.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j59.ent.gz	266.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j59_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j59_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8j59_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	8j59_validation.cif.gz	63 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j59	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADPH dehydrogenase afvA

B: NADPH dehydrogenase afvA

ヘテロ分子

86.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.473, 171.422, 50.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	NADPH dehydrogenase afvA / Aflavarin synthesis protein A 分子量: 42291.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / IAM 13836 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167) (カビ) 遺伝子: afvA, AFLA_108540 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8N8Q9, NADPH dehydrogenase

#1: タンパク質

NADPH dehydrogenase afvA / Aflavarin synthesis protein A

分子量: 42291.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / IAM 13836 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167) (カビ)
遺伝子: afvA, AFLA_108540 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8N8Q9, NADPH dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 935分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 920 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 15% (W/v) PEG3350, 0.2 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→42.86 Å / Num. obs: 102393 / % possible obs: 99.28 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 9.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 25.71
反射シェル	解像度: 1.55→1.605 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 7.66 / Num. unique obs: 9786 / CC_1/2: 0.98 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.19 / % possible all: 95.09

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487_1692	精密化
XDS	version 1.12 (25-MAR-2022)	データスケーリング
Coot	coot 0.8.9.2 EL (CCP4)	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→42.86 Å / SU ML: 0.1402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.5661
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1674	4940	4.83 %
R_work	0.1439	97416	-
obs	0.1451	102356	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5932	0	112	920	6964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	6205
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9236	8427
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0574	935
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	1086
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3676	896

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.2248	160	0.1679	2913	X-RAY DIFFRACTION	88.89
1.57-1.59	0.2102	164	0.1626	3172	X-RAY DIFFRACTION	96.5
1.59-1.61	0.1586	143	0.1559	3234	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.1755	170	0.156	3319	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.63-1.65	0.2128	154	0.1442	3243	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.65-1.67	0.1976	161	0.1434	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.1733	134	0.1393	3374	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.1676	152	0.1472	3203	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.72-1.75	0.1749	213	0.1434	3279	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.75-1.77	0.1605	181	0.1433	3181	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.77-1.8	0.1664	152	0.1432	3320	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.8-1.84	0.1905	140	0.143	3271	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.84-1.87	0.181	156	0.1502	3302	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.87-1.91	0.1762	140	0.1598	3238	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.91-1.95	0.1958	179	0.1703	3251	X-RAY DIFFRACTION	98.88
1.95-2	0.1788	184	0.1497	3194	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2-2.05	0.177	163	0.144	3294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.1547	173	0.1498	3250	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.1-2.17	0.1641	147	0.137	3246	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.17-2.24	0.159	160	0.1423	3263	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.24-2.32	0.1668	146	0.1438	3265	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.32-2.41	0.1483	141	0.1463	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.1726	151	0.1456	3272	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.52-2.65	0.1722	198	0.1502	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.1764	205	0.1513	3214	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.82-3.03	0.1881	159	0.1503	3247	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.03-3.34	0.1852	168	0.147	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.82	0.147	187	0.1304	3257	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.82-4.81	0.1288	168	0.1164	3251	X-RAY DIFFRACTION	99.42
4.81-42.86	0.1426	191	0.138	3297	X-RAY DIFFRACTION	99.66

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -4.13522411782 Å / Origin y: -1.48831351728 Å / Origin z: 12.1347809184 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0417697395222 Å²	0.0017631721455 Å²	-0.00235635590059 Å²	-	0.0942827965242 Å²	-0.00172378761517 Å²	-	-	0.0380194202267 Å²
L	0.0426424207542 °²	-0.000479207779055 °²	-0.0160836316728 °²	-	0.537196487682 °²	-0.00120555658937 °²	-	-	0.0352079454706 °²
S	-0.00331913527402 Å °	0.00754083633152 Å °	0.000499503734 Å °	-0.0160432708551 Å °	0.00495985613556 Å °	0.0218888584105 Å °	-0.000318712797173 Å °	-0.00202576287036 Å °	-0.00177125168585 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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