PDB-8j53: Crystal structure of Bacteroides salyersiae GH31 alpha-galactosidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j53

タイトル

Crystal structure of Bacteroides salyersiae GH31 alpha-galactosidase

要素

GH31 alpha-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase / (beta/alpha)8 barrel / Globo sphingolipid / Carbohydrate

機能・相同性

Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / Glycoside hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides salyersiae JCM 12988 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Ikegaya, M. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structure-function analysis of bacterial GH31 alpha-galactosidases specific for alpha-(1→4)-galactobiose.
著者: Ikegaya, M. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j53.cif.gz	981.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j53.ent.gz	807.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j53.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j53_validation.pdf.gz	481.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j53_full_validation.pdf.gz	519.5 KB	表示
XML形式データ	8j53_validation.xml.gz	86.7 KB	表示
CIF形式データ	8j53_validation.cif.gz	116 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j53	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j50C 8j51C 8j52C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GH31 alpha-galactosidase

B: GH31 alpha-galactosidase

C: GH31 alpha-galactosidase

D: GH31 alpha-galactosidase

E: GH31 alpha-galactosidase

306 kDa, 5 ポリマー
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1

A: GH31 alpha-galactosidase

B: GH31 alpha-galactosidase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 2 ポリマー
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2

C: GH31 alpha-galactosidase

登録者が定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
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3

D: GH31 alpha-galactosidase

E: GH31 alpha-galactosidase

登録者が定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	200.521, 157.535, 131.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.823, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 26 - 532 / Label seq-ID: 26 - 532

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20

#1: タンパク質	GH31 alpha-galactosidase 分子量: 61200.734 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides salyersiae JCM 12988 (バクテリア) 株: JCM 12988 / 遺伝子: F3F73_10765 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A7J4XIY8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG 3350, 40 mM citric acid, 60 mM bis-tris propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→48.635 Å / Num. obs: 45955 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.168 / R_pim(I) all: 0.106 / R_rim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 3.5→3.62 Å / R_merge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4479 / CC_1/2: 0.797 / R_pim(I) all: 0.651 / R_rim(I) all: 1.238

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→48.635 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.853 / SU B: 51.701 / SU ML: 0.737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.764 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3128	2223	4.838 %
R_work	0.2569	43730	-
all	0.26	-	-
obs	-	45953	99.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.778 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.234 Å²	0 Å²	-4.531 Å²
2-	-	7.794 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.588 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.635 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20611	0	0	0	20611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	21210
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	19628
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.316	0.1	211221
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.651	28706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.481	1.573	45339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.349	5	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.932	5	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.858	10	3629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.217	10	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	24660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5052
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	4824
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	20535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	10245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	11004
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.285	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.265	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.077	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	12.742	10.077	10149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	12.741	10.077	10149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	19.997	18.047	12674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	19.996	18.047	12675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.05	10.474	11061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.05	10.474	11062
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	17.767	19.094	16032
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	17.766	19.094	16033
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	28.841	210.348	247013
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	28.841	210.347	247014
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.109	0.05	17308
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.114	0.05	17363
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.106	0.05	17409
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.107	0.05	17283
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.097	0.05	17484
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.088	0.05	17463
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.089	0.05	17426
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.098	0.05	17565
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.101	0.05	17382
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.095	0.05	17488

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10883	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10883	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11445	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11445	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10587	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10587	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10746	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10746	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09722	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09722	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08834	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08834	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08883	0.0501
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08883	0.0501
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09791	0.05009
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09791	0.05009
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10134	0.05009
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10134	0.05009
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09458	0.05009
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09458	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.5-3.59	0.386	146	0.362	3209	0.363	3356	0.891	0.911	99.9702	0.351
3.59-3.688	0.389	168	0.332	3098	0.335	3266	0.894	0.928	100	0.323
3.688-3.795	0.354	146	0.31	3070	0.312	3216	0.899	0.935	100	0.295
3.795-3.911	0.38	173	0.323	2897	0.326	3070	0.898	0.925	100	0.305
3.911-4.038	0.35	141	0.309	2880	0.311	3021	0.909	0.934	100	0.289
4.038-4.179	0.358	144	0.287	2786	0.291	2932	0.911	0.943	99.9318	0.26
4.179-4.335	0.307	147	0.265	2668	0.267	2817	0.938	0.953	99.929	0.234
4.335-4.511	0.305	126	0.249	2587	0.251	2716	0.942	0.959	99.8895	0.219
4.511-4.709	0.338	128	0.254	2468	0.258	2598	0.928	0.956	99.923	0.221
4.709-4.937	0.327	130	0.251	2369	0.255	2499	0.926	0.958	100	0.221
4.937-5.201	0.314	105	0.228	2239	0.232	2347	0.932	0.966	99.8722	0.203
5.201-5.513	0.287	93	0.214	2176	0.217	2269	0.949	0.97	100	0.19
5.513-5.888	0.293	108	0.212	2006	0.216	2115	0.95	0.973	99.9527	0.189
5.888-6.352	0.287	94	0.22	1885	0.224	1979	0.941	0.969	100	0.199
6.352-6.946	0.349	88	0.217	1720	0.223	1808	0.928	0.97	100	0.201
6.946-7.746	0.256	68	0.211	1587	0.213	1655	0.959	0.971	100	0.2
7.746-8.907	0.254	68	0.212	1392	0.214	1460	0.961	0.971	100	0.209
8.907-10.819	0.25	62	0.218	1188	0.219	1250	0.962	0.971	100	0.221
10.819-14.935	0.251	52	0.243	934	0.243	987	0.956	0.961	99.8987	0.249
14.935-48.635	0.302	36	0.324	571	0.323	608	0.925	0.93	99.8355	0.338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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