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- PDB-8j4b: Crystal structure of OY phytoplasma SAP05 in complex with AtSPL13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j4b
タイトルCrystal structure of OY phytoplasma SAP05 in complex with AtSPL13
要素
  • Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein
  • Squamosa promoter-binding-like protein 13A
キーワードPLANT PROTEIN / ubiquitin-independent protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


anther development / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Squamosa promoter-binding-like protein / SBP domain / SBP domain superfamily / SBP domain / Zinc finger SBP-type profile. / Sequence-variable mosaic (SVM), signal sequence / SVM protein signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
Squamosa promoter-binding-like protein 13A / Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Onion yellows phytoplasma OY-M (バクテリア)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dong, C. / Yan, X. / Yuan, X.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900865 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271265 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071193 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81874039 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of SAP05-mediated ubiquitin-independent proteasomal degradation of transcription factors.
著者: Yan, X. / Yuan, X. / Lv, J. / Zhang, B. / Huang, Y. / Li, Q. / Ma, J. / Li, Y. / Wang, X. / Li, Y. / Yu, Y. / Liu, Q. / Liu, T. / Mi, W. / Dong, C.
履歴
登録2023年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein
C: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein
B: Squamosa promoter-binding-like protein 13A
D: Squamosa promoter-binding-like protein 13A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2138
ポリマ－39,9514
非ポリマー2624
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17040 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)90.920, 63.350, 68.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein / OY-M SAP05


分子量: 12288.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Onion yellows phytoplasma OY-M (バクテリア)
株: OY-M / 遺伝子: PAM_518 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6YQ57
#2: タンパク質 Squamosa promoter-binding-like protein 13A / AtSPL13


分子量: 7686.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SPL13A, SPL13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9DI20
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1.2828 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2828 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→36.93 Å / Num. obs: 27306 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 26.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 13.74
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / Num. unique obs: 2608 / CC1/2: 0.627

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→36.93 Å / SU ML: 0.2343 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1205
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 1409 5.16 %
Rwork0.1751 25897 -
obs0.1771 27306 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2747 0 4 284 3035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00862815
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92653784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0545377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8764360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.070.28641460.19942463X-RAY DIFFRACTION96.74
2.07-2.150.19751270.18852540X-RAY DIFFRACTION99.59
2.15-2.250.25191280.17672573X-RAY DIFFRACTION99.85
2.25-2.370.22981240.18642591X-RAY DIFFRACTION99.89
2.37-2.520.22951170.18962597X-RAY DIFFRACTION99.93
2.52-2.710.25521320.19722577X-RAY DIFFRACTION99.96
2.71-2.990.24171500.18972590X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.420.22911590.17642585X-RAY DIFFRACTION99.96
3.42-4.310.18111540.15292640X-RAY DIFFRACTION99.96
4.31-36.930.1861720.16612741X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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