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- PDB-8j3x: Crystal structure of CBM6E from Saccharophagus degradans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j3x
タイトルCrystal structure of CBM6E from Saccharophagus degradans
要素Putative polysaccharide-binding protein
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 35 / Carbohydrate binding module (family 35) / Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative polysaccharide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharophagus degradans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者He, C. / Li, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into CBM6E from Saccharophagus degradans
著者: He, C. / Li, F.
履歴
登録2023年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative polysaccharide-binding protein
B: Putative polysaccharide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1895
ポリマ－90,0482
非ポリマー1413
水3,135174
1
A: Putative polysaccharide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1403
ポリマ－45,0241
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
2
B: Putative polysaccharide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0482
ポリマ－45,0241
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.807, 146.033, 76.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Putative polysaccharide-binding protein


分子量: 45023.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharophagus degradans (strain 2-40 / ATCC 43961 / DSM 17024) (バクテリア)
遺伝子: cbm6E, Sde_1445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q21KS2
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris, pH 5.5, 25% (w/v) polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.68 Å / Num. obs: 37821 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 301592
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.003 / Num. measured all: 32511 / Num. unique obs: 3916 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.362 / Rrim(I) all: 1.068 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.68 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 1836 4.86 %
Rwork0.1824 --
obs0.1848 37767 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6257 0 8 174 6439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.928798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1842253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053899
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.3361380.27012698X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.540.30851410.25192710X-RAY DIFFRACTION99
2.54-2.620.3041220.24212746X-RAY DIFFRACTION99
2.62-2.710.28021380.22952704X-RAY DIFFRACTION99
2.71-2.820.30911580.23162728X-RAY DIFFRACTION99
2.82-2.950.2861400.2332734X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.10.25711390.20992740X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.30.25681360.20422750X-RAY DIFFRACTION99
3.3-3.550.2291430.17572758X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.90.20361300.16262790X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.460.20441430.13842810X-RAY DIFFRACTION100
4.46-5.60.16761360.14252841X-RAY DIFFRACTION100
5.6-19.680.21471720.17522922X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68430.1796-0.23665.1594-0.6161.8653-0.06920.14730.0399-0.8589-0.096-0.66810.07870.0570.09820.36710.01810.06610.42110.04660.5169-19.248110.7675-45.5949
21.49-0.34610.58683.1736-0.70792.4262-0.1202-0.2360.20641.0292-0.0091-0.4216-0.3582-0.0050.14060.5506-0.0182-0.18670.356-0.03690.4275-22.566320.2801-15.9377
30.89740.80740.75632.6498-0.84572.11670.0649-0.1349-0.31291.2251-0.2552-0.89170.25010.4032-0.13230.89360.0168-0.30510.55020.14810.7213-14.6528-19.3931-5.0066
42.04330.7908-0.04983.601-0.34892.74560.0319-0.2691-0.03940.9804-0.1919-0.0588-0.2515-0.04870.12510.57650.0325-0.04220.40040.02480.3565-26.43-8.9494-10.1719
50.87340.2701-0.07973.04080.00062.0563-0.03950.085-0.1855-0.18290.0289-0.1960.1574-0.03640.01630.20630.02680.04030.3243-0.00390.425-25.6806-22.7877-37.3084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 85 through 319 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 320 through 473 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 84 through 196 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 197 through 319 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 320 through 473 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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