PDB-8j3y: Crystal structure of CBM6E E168Q in complex with oligosaccharides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j3y

タイトル

Crystal structure of CBM6E E168Q in complex with oligosaccharides

要素

Putative polysaccharide-binding protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

glycoside hydrolase (グリコシダーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding /

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharophagus degradans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

He, C. / Li, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into CBM6E from Saccharophagus degradans
著者: He, C. / Li, F.

履歴

登録	2023年4月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j3y.cif.gz	209.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j3y.ent.gz	161.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/8j3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/8j3y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j3xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative polysaccharide-binding protein

B: Putative polysaccharide-binding protein

ヘテロ分子

92.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative polysaccharide-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative polysaccharide-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.479, 97.802, 72.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Putative polysaccharide-binding protein 分子量: 44554.020 Da / 分子数: 2 / 変異: E168Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharophagus degradans (strain 2-40 / ATCC 43961 / DSM 17024) (バクテリア) 遺伝子: cbm6E, Sde_1445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q21KS2

-
糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1_d3-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス /

グルコース

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 3種, 1337分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M bis-tris, pH 6.5, 25% w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.28→40 Å / Num. obs: 215191 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 0.91 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 1428606

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.28-1.3	6.4	0.759	10721	0.757	0.928	0.326	0.828	0.82	100
1.3-1.33	6.2	0.659	10773	0.774	0.934	0.29	0.723	0.824	100
1.33-1.35	6.3	0.587	10705	0.833	0.953	0.254	0.641	0.842	100
1.35-1.38	6.7	0.533	10725	0.863	0.962	0.224	0.579	0.876	100
1.38-1.41	6.8	0.466	10710	0.899	0.973	0.195	0.506	0.886	100
1.41-1.44	6.7	0.406	10746	0.917	0.978	0.17	0.441	0.899	100
1.44-1.48	6.6	0.344	10791	0.934	0.983	0.145	0.374	0.934	100
1.48-1.52	6.4	0.283	10666	0.953	0.988	0.121	0.309	0.979	100
1.52-1.56	6.3	0.243	10728	0.962	0.99	0.105	0.265	1.007	100
1.56-1.61	6.6	0.208	10746	0.971	0.993	0.088	0.227	1.036	100
1.61-1.67	6.9	0.177	10793	0.981	0.995	0.073	0.191	1.074	100
1.67-1.74	6.8	0.151	10734	0.984	0.996	0.063	0.164	1.088	100
1.74-1.82	6.8	0.125	10789	0.989	0.997	0.052	0.136	1.095	100
1.82-1.91	6.4	0.102	10744	0.991	0.998	0.043	0.111	1.1	100
1.91-2.03	6.6	0.082	10735	0.994	0.998	0.034	0.089	1.139	100
2.03-2.19	7.1	0.068	10772	0.996	0.999	0.027	0.073	1.048	100
2.19-2.41	7	0.055	10768	0.997	0.999	0.023	0.06	0.893	100
2.41-2.76	6.5	0.044	10814	0.998	0.999	0.019	0.048	0.712	100
2.76-3.47	7	0.032	10836	0.999	1	0.013	0.034	0.57	100
3.47-40	6.7	0.024	10895	0.999	1	0.01	0.026	0.383	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.28→21.15 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1681	10095	4.94 %
R_work	0.1494	-	-
obs	0.1503	204336	94.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→21.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6278	0	224	1332	7834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6824
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853	9325
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.996	2332
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1191

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.28-1.29	0.2329	222	0.2232	4163	X-RAY DIFFRACTION	60
1.29-1.31	0.2482	254	0.2193	4819	X-RAY DIFFRACTION	72
1.31-1.33	0.2262	285	0.209	5351	X-RAY DIFFRACTION	78
1.33-1.34	0.2322	280	0.1962	5646	X-RAY DIFFRACTION	83
1.34-1.36	0.2044	292	0.1944	5789	X-RAY DIFFRACTION	85
1.36-1.38	0.2276	307	0.1918	6212	X-RAY DIFFRACTION	91
1.38-1.4	0.2065	347	0.1958	6406	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4-1.42	0.2082	375	0.1871	6556	X-RAY DIFFRACTION	96
1.42-1.44	0.2086	303	0.1803	6629	X-RAY DIFFRACTION	97
1.44-1.46	0.1887	324	0.1748	6620	X-RAY DIFFRACTION	98
1.46-1.49	0.1763	346	0.1652	6701	X-RAY DIFFRACTION	98
1.49-1.52	0.1741	358	0.1593	6747	X-RAY DIFFRACTION	99
1.52-1.55	0.1812	340	0.1547	6797	X-RAY DIFFRACTION	99
1.55-1.58	0.1757	355	0.1483	6760	X-RAY DIFFRACTION	99
1.58-1.61	0.152	371	0.1478	6678	X-RAY DIFFRACTION	99
1.61-1.65	0.1608	357	0.1473	6785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.69	0.1632	343	0.1477	6822	X-RAY DIFFRACTION	99
1.69-1.74	0.1604	332	0.1474	6784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.79	0.1558	354	0.1498	6763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.85	0.1774	351	0.1508	6837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.91	0.1655	375	0.1516	6785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.99	0.1812	340	0.1484	6819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.08	0.1648	376	0.1464	6788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.19	0.1688	361	0.1427	6807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.32	0.17	350	0.1445	6818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.5	0.1805	344	0.1508	6860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.76	0.1798	349	0.1544	6849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.15	0.1696	371	0.1506	6852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.97	0.1408	382	0.1275	6844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-21.15	0.1522	351	0.1404	6954	X-RAY DIFFRACTION	100

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