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- PDB-8j2y: Acidimicrobiaceae bacterium photocobilins protein, dark state -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j2y
タイトルAcidimicrobiaceae bacterium photocobilins protein, dark state
要素GGDEF domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / cobalamin binding / biliverdin binding / B12-dependent photoreceptor protein / photocobilins
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. ...Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / COBALAMIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / GGDEF domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Acidimicrobiaceae bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, S. / Poddar, H. / Levy, W.C. / Leys, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/S030336/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Photocobilins integrate B12 and bilin photochemistry for enzyme control.
著者: Zhang, S. / Jeffreys, L.N. / Poddar, H. / Yu, Y. / Liu, C. / Patel, K. / Johannissen, L.O. / Zhu, L. / Cliff, M.J. / Yan, C. / Schiro, G. / Weik, M. / Sakuma, M. / Levy, C.W. / Leys, D. / ...著者: Zhang, S. / Jeffreys, L.N. / Poddar, H. / Yu, Y. / Liu, C. / Patel, K. / Johannissen, L.O. / Zhu, L. / Cliff, M.J. / Yan, C. / Schiro, G. / Weik, M. / Sakuma, M. / Levy, C.W. / Leys, D. / Heyes, D.J. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2023年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GGDEF domain-containing protein
B: GGDEF domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0999
ポリマ－74,7132
非ポリマー3,3857
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area28720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.773, 125.836, 124.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-539-

HOH

21B-546-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GGDEF domain-containing protein


分子量: 37356.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidimicrobiaceae bacterium (バクテリア)
遺伝子: DCS55_04760 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A349B205

-
非ポリマー , 5種, 135分子

#2: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8% PEG 20,000, 8% PEG 550 MME, 0.1M Sodium acetate pH5.5, 0.2M Potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.31 Å / Num. obs: 38287 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1766 / Net I/σ(I): 6.95
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.9439 / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 3775 / % possible all: 99.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DIALSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→44.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 20.306 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23664 1996 5.2 %RANDOM
Rwork0.20935 ---
obs0.21085 36286 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.721 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2---2.59 Å2-0 Å2
3---2.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4874 0 231 128 5233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0165251
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0154811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7681.8417233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5351.60611107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8195.36709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.65610729
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6361.8572625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6241.8552623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6852.7693272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6852.773273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7111.9642626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6911.9642626
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7082.8853957
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.26724.2865877
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.26924.1755857
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 161 -
Rwork0.314 2612 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17921.1620.43152.21110.1743.225-0.16330.33650.1342-0.26910.0010.1853-0.187-0.19340.16230.2918-0.0104-0.04970.5695-0.03090.0254-23.971-33.2918.653
22.31770.2601-0.15842.01870.72932.30210.0653-0.07740.28740.1305-0.1430.0642-0.2957-0.39970.07770.3390.0288-0.02310.6838-0.02540.041-22.045-22.88231.855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 403
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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