PDB-8j2u: Glucosyl Transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with UDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j2u

タイトル

Glucosyl Transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with UDP

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glucosyl transferase

機能・相同性

UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.32 Å

データ登録者

Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.

資金援助

サウジアラビア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glucosyl Transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with UDP
著者: Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.

履歴

登録	2023年4月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年9月4日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id 解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j2u.cif.gz	193.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j2u.ent.gz	153.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j2u_validation.pdf.gz	989.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j2u_full_validation.pdf.gz	1002.8 KB	表示
XML形式データ	8j2u_validation.xml.gz	38.3 KB	表示
CIF形式データ	8j2u_validation.cif.gz	49.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/8j2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/8j2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j9k
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.492, 112.559, 103.632
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.25, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 53534.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A8K1ZRH3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium chloride, 0.1 M MES pH 6.0, 20% w/vPEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.32→45.96 Å / Num. obs: 16627 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 3
反射シェル	解像度: 3.32→3.41 Å / Num. unique obs: 1133 / CC_1/2: 0.37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	Refmac5	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.32→45.96 Å / SU B: 54.784 / SU ML: 0.759 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.79 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33038	1040	6.3 %	RANDOM
R_work	0.28937	-	-	-
obs	0.29196	15354	97.76 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.807 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.27 Å²
2-	-	0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.32→45.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7460	0	50	0	7510

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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