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- PDB-8j2q: Crystal structure of Cypovirus Polyhedra mutant fused with c-Myc ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j2q
タイトルCrystal structure of Cypovirus Polyhedra mutant fused with c-Myc fragment
要素Polyhedrin,Myc proto-oncogene protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Polyhedra
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / positive regulation of acinar cell proliferation / acinar cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / SCF ubiquitin ligase complex binding / NK T cell proliferation / Myc-Max complex / viral occlusion body / regulation of somatic stem cell population maintenance / regulation of cell cycle process ...positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / positive regulation of acinar cell proliferation / acinar cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / SCF ubiquitin ligase complex binding / NK T cell proliferation / Myc-Max complex / viral occlusion body / regulation of somatic stem cell population maintenance / regulation of cell cycle process / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / cellular response to interferon-alpha / RNA polymerase II transcription repressor complex / myotube differentiation / positive regulation of B cell apoptotic process / RUNX3 regulates WNT signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / negative regulation of cell division / negative regulation of monocyte differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / response to growth factor / response to alkaloid / B cell apoptotic process / transcription regulator activator activity / protein-DNA complex disassembly / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / fibroblast apoptotic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Regulation of NFE2L2 gene expression / regulation of telomere maintenance / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / skeletal system morphogenesis / middle ear morphogenesis / Signaling by ALK / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / pigmentation / rRNA metabolic process / E-box binding / positive regulation of telomere maintenance / skeletal muscle cell differentiation / chromosome organization / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Cyclin E associated events during G1/S transition / negative regulation of fibroblast proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / ERK1 and ERK2 cascade / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / positive regulation of epithelial cell proliferation / transcription coregulator binding / MAPK6/MAPK4 signaling / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / G1/S transition of mitotic cell cycle / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / euchromatin / protein processing / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / Wnt signaling pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of fibroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / MAPK cascade / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / intracellular iron ion homeostasis / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / protein dimerization activity / nuclear body / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / axon / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain ...Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Myc proto-oncogene protein / Polyhedrin
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Kojima, M. / Ueno, T. / Abe, S. / Hirata, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: High-throughput structure determination of an intrinsically disordered protein using cell-free protein crystallization.
著者: Kojima, M. / Abe, S. / Furuta, T. / Hirata, K. / Yao, X. / Kobayashi, A. / Kobayashi, R. / Ueno, T.
履歴
登録2023年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Polyhedrin,Myc proto-oncogene protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3291
ポリマ－28,3291
非ポリマー00
水73941
1
A: Polyhedrin,Myc proto-oncogene protein

A: Polyhedrin,Myc proto-oncogene protein

A: Polyhedrin,Myc proto-oncogene protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9883
ポリマ－84,9883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area6850 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area27320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.970, 105.970, 105.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Polyhedrin,Myc proto-oncogene protein / C-polyhedrin / Class E basic helix-loop-helix protein 39 / bHLHe39 / Proto-oncogene c-Myc / ...C-polyhedrin / Class E basic helix-loop-helix protein 39 / bHLHe39 / Proto-oncogene c-Myc / Transcription factor p64


分子量: 28329.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cell-free synthesis
由来: (組換発現) Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: MYC, BHLHE39 / 発現宿主: Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P11041, UniProt: P01106
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: small tubes / 詳細: cell-free crystallization

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 17287 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 87.8 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.42
反射 シェル解像度: 1.84→1.95 Å / Num. unique obs: 2724 / CC1/2: 0.584

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→37.47 Å / SU ML: 0.2454 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4281
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 1512 9.97 %
Rwork0.2017 13649 -
obs0.2062 15161 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→37.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 0 41 1529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00851526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99922074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0658229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3973211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.980.39861250.31741129X-RAY DIFFRACTION91.6
1.98-2.050.26891410.24461242X-RAY DIFFRACTION99.93
2.05-2.130.26481360.24311240X-RAY DIFFRACTION99.35
2.14-2.230.29791310.20171228X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.350.26661420.21351255X-RAY DIFFRACTION99.93
2.35-2.50.24781370.20681227X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.690.29741360.22061237X-RAY DIFFRACTION99.93
2.69-2.960.26621390.22641267X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.390.22631370.19171255X-RAY DIFFRACTION100
3.39-4.260.21251390.18231253X-RAY DIFFRACTION99.93
4.27-37.470.21841490.17581316X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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