PDB-8j2c: Structure of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j2c

タイトル

Structure of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus, mutant N940V/K1106W/S1114R

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 3-hydroxypropionate(3-HP) / malonyl-CoA reductase / CO2 fixation / short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) / Chloroflexus aurantiacus

機能・相同性

fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / L(+)-TARTARIC ACID / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

機能・相同性情報

生物種

Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Ma, Q. / Liu, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus
著者: Ma, Q. / Liu, C.

履歴

登録	2023年4月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j2c.cif.gz	270.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j2c.ent.gz	213.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j2c_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j2c_full_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示
XML形式データ	8j2c_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	8j2c_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/8j2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/8j2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j29C 8j2aC 8j2bC 8j2dC 8j2eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.273, 133.029, 74.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2248- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 73764.039 Da / 分子数: 1 / 変異: N940V/K1106W/S1114R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア) 遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The protein was crystallized in drops containing 1.5 ul protein solution (5 mg/ml) and 1.5 ul reservoir solution (1.1 M ammonium tartrate pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97774 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.697→73.265 Å / Num. obs: 91959 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.063 / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.697→1.702 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 734 / CC_1/2: 0.815 / R_pim(I) all: 0.277 / R_rim(I) all: 0.674 / R_sym value: 0.612 / % possible all: 76.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS	version (Nov 1, 2016, built on 20170215	データ削減
Aimless	0.5.29	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→73.265 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU R Cruickshank DPI: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.083 / SU R_free Blow DPI: 0.08 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.079

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.188	4565	4.98 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.17	91578	98.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.0093 Å²	0 Å²	1.1052 Å²
2-	-	1.8634 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1458 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→73.265 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5005	0	16	523	5544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	5133	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.93	6971	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1799	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		119	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		772	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5133	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.41
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.02
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		679	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6629	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	271	4.82 %
R_work	0.205	5356	-
all	0.206	5627	-
obs	-	-	82.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -33.728 Å / Origin y: 6.8011 Å / Origin z: -14.9176 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0673 Å²	-0.0264 Å²	0.0019 Å²	-	-0.0639 Å²	-0.0172 Å²	-	-	-0.092 Å²
L	0.4271 °²	0.041 °²	0.0552 °²	-	0.406 °²	-0.0977 °²	-	-	0.3998 °²
S	-0.0121 Å °	0.0178 Å °	-0.0993 Å °	-0.0166 Å °	0.0005 Å °	-0.0767 Å °	-0.0661 Å °	0.0036 Å °	0.0116 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|562 - A|1219 }

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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