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- PDB-8j0z: Crystal structure of horse spleen L-ferritin at -180deg Celsius c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j0z
タイトルCrystal structure of horse spleen L-ferritin at -180deg Celsius cooled from -40deg Celsius.
要素Ferritin light chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ferritin / -180deg Celsius
機能・相同性
機能・相同性情報


ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Maity, B. / Tian, J. / Abe, S. / Ueno, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2023
タイトル: Atomic-Level Insights into a Unique Semi-Clathrate Hydrate Formed in a Confined Environment of Porous Protein Crystal.
著者: Maity, B. / Tian, J. / Furuta, T. / Abe, S. / Ueno, T.
履歴
登録2023年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Ferritin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,92813
ポリマ－19,8721
非ポリマー1,05612
水4,576254
1
X: Ferritin light chain
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)502,272312
ポリマ－476,93824
非ポリマー25,333288
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
crystal symmetry operation13_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation14_554-y,-x,-z-11
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation33_554y,z+1/2,x-1/21
crystal symmetry operation34_554-y,z+1/2,-x-1/21
crystal symmetry operation35_544y,-z-1/2,-x-1/21
crystal symmetry operation36_544-y,-z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation41_554x,z+1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation42_554-x,z+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation43_544-x,-z-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation44_544x,-z-1/2,y-1/21
crystal symmetry operation53_554z+1/2,x,y-1/21
crystal symmetry operation54_554z+1/2,-x,-y-1/21
crystal symmetry operation55_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation56_454-z-1/2,x,-y-1/21
crystal symmetry operation69_554z+1/2,y,-x-1/21
crystal symmetry operation70_554z+1/2,-y,x-1/21
crystal symmetry operation71_454-z-1/2,y,x-1/21
crystal symmetry operation72_454-z-1/2,-y,-x-1/21
Buried area92880 Å2
ΔGint-319 kcal/mol
Surface area141900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.760, 180.760, 180.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-205-

CD

21X-206-

CD

31X-528-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 Ferritin light chain / Ferritin L subunit


分子量: 19872.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / プラスミド: PMK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

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非ポリマー , 5種, 266分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Ammonium sulfate (0.5-1.0M), Cadmium sulfate(12-20mM)
Temp details: No shaking incubation

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→24.167 Å / Num. obs: 33140 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1655 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.411 / Rrim(I) all: 0.766

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
CrysalisProv42データ収集
CrysalisProv42データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
MOLREP11.9.02位相決定
Coot0.9.8.6 ELモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→24.167 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.173 / WRfactor Rwork: 0.144 / SU B: 1.573 / SU ML: 0.053 / Average fsc free: 0.9724 / Average fsc work: 0.9785 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 1626 4.908 %
Rwork0.1684 31503 -
all0.17 --
obs-33129 97.7 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 11.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1385 0 37 254 1676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0121517
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.6522054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5861.5793312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0885194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.404516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53510278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg18.0721084
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1690.21184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0430.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3340.226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1790.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1380.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5921.011713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4671.009713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.311.803895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.311.807896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4591.29804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4571.293805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8512.2271148
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8492.2311149
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.9314.4661877
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.9314.4791878
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.6-1.6410.2711150.23723380.23824530.9490.961000.217
1.641-1.6860.2641190.22222290.22423500.9590.96599.91490.201
1.686-1.7350.2341200.21922070.2223330.9670.96899.74280.195
1.735-1.7880.2181040.20521340.20622510.9710.97199.42250.181
1.788-1.8460.187990.19220880.19222080.9750.97699.04890.163
1.846-1.9110.2161240.18719680.18821230.9720.97898.53980.157
1.911-1.9820.211980.17618860.17720280.9720.9897.83040.148
1.982-2.0630.19970.15518500.15720100.980.98596.86570.13
2.063-2.1540.183980.14917090.1518910.9780.98795.55790.126
2.154-2.2580.187900.14416310.14618280.980.98894.14660.12
2.258-2.3790.168870.13815310.13917420.9830.98892.88170.117
2.379-2.5220.165720.13914700.1416680.9810.98892.4460.118
2.522-2.6940.2680.1413750.14315460.9750.98893.33760.119
2.694-2.9060.177640.14913970.15114740.9810.98699.1180.127
2.906-3.1790.234590.15313040.15613630.9710.9851000.135
3.179-3.5470.17590.15811850.15912440.9840.9861000.145
3.547-4.0810.207410.14710680.14911130.9740.98799.64060.136
4.081-4.9630.171460.1459130.1469630.9830.98699.58460.134
4.963-6.8750.271400.247350.2417820.9650.97299.10490.218
6.875-24.1670.235260.2234850.2245170.9610.96998.83950.224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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