PDB-8j0v: Crystal structure of horse spleen L-ferritin at -100deg Celsius.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j0v

タイトル

Crystal structure of horse spleen L-ferritin at -100deg Celsius.

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Ferritin / -100deg Celsius

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Maity, B. / Tian, J. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2023
タイトル: Atomic-Level Insights into a Unique Semi-Clathrate Hydrate Formed in a Confined Environment of Porous Protein Crystal.
著者: Maity, B. / Tian, J. / Furuta, T. / Abe, S. / Ueno, T.

履歴

登録	2023年4月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j0v.cif.gz	61.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j0v.ent.gz	42.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/8j0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/8j0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j0uC 8j0wC 8j0xC 8j0yC 8j0zC 8j10C 8j11C 8j16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

X: Ferritin light chain

ヘテロ分子

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Size exclusion chromatography
501 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_554	-x,y,-z-1	1
crystal symmetry operation	4_554	x,-y,-z-1	1
crystal symmetry operation	13_554	y,x,-z-1	1
crystal symmetry operation	14_554	-y,-x,-z-1	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	33_554	y,z+1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	34_554	-y,z+1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	35_544	y,-z-1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	36_544	-y,-z-1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	41_554	x,z+1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	42_554	-x,z+1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	43_544	-x,-z-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	44_544	x,-z-1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	53_554	z+1/2,x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	54_554	z+1/2,-x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	55_454	-z-1/2,-x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	56_454	-z-1/2,x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	69_554	z+1/2,y,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	70_554	z+1/2,-y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	71_454	-z-1/2,y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	72_454	-z-1/2,-y,-x-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.624, 180.624, 180.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	X-205- CD
2	1	X-206- CD
3	1	X-520- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19872.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / プラスミド: PMK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Ammonium sulfate (0.5-1.0M), Cadmium sulfate(12-20mM)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→23.526 Å / Num. obs: 34683 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / R_merge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1621 / CC_1/2: 0.508 / R_pim(I) all: 0.628 / R_rim(I) all: 1.203

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
CrysalisPro	v42	データ収集
CrysalisPro	v42	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定
Coot	0.9.8.6 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→23.526 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.16 / WR_factor R_work: 0.143 / SU B: 1.631 / SU ML: 0.054 / Average fsc free: 0.9714 / Average fsc work: 0.9741 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1905	1642	4.883 %
R_work	0.1714	31986	-
all	0.172	-	-
obs	-	33628	99.459 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.372 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.526 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1385	0	40	242	1667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.622	1.65	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.599	1.578	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.767	5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.084	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.508	10	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.077	10	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	811
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.147	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.329	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.147	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.618	1.304	703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.617	1.303	703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.474	2.324	880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.476	2.33	881
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.063	1.667	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.01	1.653	762
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.772	2.873	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.722	2.84	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.616	18.831	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.594	18.63	1822

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.28	115	0.272	2267	0.273	2432	0.937	0.944	97.9441	0.261
1.642-1.686	0.241	119	0.265	2223	0.264	2372	0.955	0.949	98.7352	0.25
1.686-1.735	0.279	117	0.26	2155	0.261	2293	0.948	0.954	99.0842	0.239
1.735-1.788	0.251	107	0.246	2133	0.247	2256	0.959	0.959	99.2908	0.223
1.788-1.846	0.224	103	0.214	2093	0.214	2206	0.966	0.969	99.5467	0.186
1.846-1.911	0.195	105	0.198	1990	0.198	2099	0.975	0.974	99.8094	0.17
1.911-1.982	0.202	92	0.179	1944	0.18	2038	0.977	0.979	99.9019	0.152
1.982-2.063	0.185	109	0.166	1865	0.167	1978	0.98	0.983	99.7978	0.139
2.063-2.154	0.182	89	0.162	1813	0.163	1904	0.978	0.984	99.895	0.135
2.154-2.258	0.184	84	0.14	1748	0.142	1834	0.979	0.988	99.8909	0.118
2.258-2.379	0.137	69	0.135	1670	0.135	1739	0.988	0.989	100	0.116
2.379-2.521	0.137	81	0.131	1567	0.131	1648	0.988	0.99	100	0.109
2.521-2.693	0.172	77	0.138	1482	0.139	1562	0.982	0.988	99.8079	0.115
2.693-2.906	0.156	67	0.141	1390	0.142	1460	0.983	0.988	99.7945	0.12
2.906-3.178	0.166	64	0.143	1285	0.144	1351	0.988	0.988	99.852	0.125
3.178-3.546	0.165	60	0.155	1188	0.155	1248	0.988	0.986	100	0.139
3.546-4.079	0.17	56	0.146	1045	0.147	1107	0.984	0.987	99.458	0.134
4.079-4.958	0.201	64	0.141	897	0.144	963	0.977	0.987	99.7923	0.13
4.958-6.861	0.268	46	0.234	732	0.235	778	0.972	0.974	100	0.21
6.861-23.526	0.208	18	0.211	499	0.211	520	0.984	0.972	99.4231	0.199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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