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- PDB-8j0k: Crystal structure of human TFAP2A in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j0k
タイトルCrystal structure of human TFAP2A in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*G)-3')
  • Transcription factor AP-2-alpha
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / TFAP2A-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


optic vesicle morphogenesis / optic cup structural organization / oculomotor nerve formation / positive regulation of tooth mineralization / trigeminal nerve development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / Specification of the neural plate border / Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors ...optic vesicle morphogenesis / optic cup structural organization / oculomotor nerve formation / positive regulation of tooth mineralization / trigeminal nerve development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / Specification of the neural plate border / Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors / retina layer formation / Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / embryonic cranial skeleton morphogenesis / bone morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / inner ear morphogenesis / eyelid development in camera-type eye / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of cell differentiation / roof of mouth development / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of bone mineralization / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / skeletal system development / cellular response to iron ion / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / kidney development / sensory perception of sound / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor AP-2 alpha, N-terminal / Transcription factor AP-2 / Transcription factor AP-2, C-terminal / Transcription factor AP-2
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANIDINE-3-PROPANOL / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / Transcription factor AP-2-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, K. / Xiao, Y.Q. / Li, W.F. / Min, J.R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770834 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural basis for specific DNA sequence motif recognition by the TFAP2 transcription factors.
著者: Liu, K. / Xiao, Y. / Gan, L. / Li, W. / Zhang, J. / Min, J.
履歴
登録2023年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor AP-2-alpha
B: Transcription factor AP-2-alpha
C: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,90614
ポリマ－55,5854
非ポリマー1,32210
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12200 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.261, 124.261, 96.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcription factor AP-2-alpha / AP2-alpha / AP-2 transcription factor / Activating enhancer-binding protein 2-alpha / Activator ...AP2-alpha / AP-2 transcription factor / Activating enhancer-binding protein 2-alpha / Activator protein 2 / AP-2


分子量: 23819.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFAP2A, AP2TF, TFAP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05549

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*AP*C)-3')


分子量: 3928.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4017.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 313分子

#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PG3 / GUANIDINE-3-PROPANOL


分子量: 118.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12N3O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 34% v/v PEG 200 , 0.1 M Citric acid pH 3.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.04 Å / Num. obs: 50700 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 4095 / CC1/2: 0.952

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.877 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19555 2528 5 %RANDOM
Rwork0.16479 ---
obs0.16634 48079 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.415 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3226 527 88 303 4144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0123965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8081.5645443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4921.698308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6935424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.54821.369168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27315591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9541528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3793.371696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3783.3681695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2685.032120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2685.0342121
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6873.9812269
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6873.9812268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5615.7553324
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.98940.5684659
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.96640.2684590
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 166 -
Rwork0.187 3514 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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