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- PDB-8j0d: FCP heterodimer, Lhca2, and Lhcf5 together as the M1 side binds t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j0d
タイトルFCP heterodimer, Lhca2, and Lhcf5 together as the M1 side binds to the PSII core in the diatom Thalassiosira pseudonana
要素
  • (Fucoxanthin chlorophyll a/c protein ...) x 2
  • Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade
  • Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
キーワードPHOTOSYNTHESIS / FCP / heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chlorophyll binding / response to light stimulus / chloroplast / membrane
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade / Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid ...Chem-A86 / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade / Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Thalassiosira pseudonana (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Li, Z. / Feng, Y. / Wang, W. / Shen, J.R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure of a diatom photosystem II supercomplex containing a member of Lhcx family and dimeric FCPII.
著者: Yue Feng / Zhenhua Li / Xiaoyi Li / Lili Shen / Xueyang Liu / Cuicui Zhou / Jinyang Zhang / Min Sang / Guangye Han / Wenqiang Yang / Tingyun Kuang / Wenda Wang / Jian-Ren Shen /
要旨: Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We ...Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We report a unique structure of photosystem II (PSII)-FCPII supercomplex from at 2.68-Å resolution by cryo-electron microscopy. FCPIIs within this PSII-FCPII supercomplex exist in dimers and monomers, and a homodimer and a heterodimer were found to bind to a PSII core. The FCPII homodimer is formed by Lhcf7 and associates with PSII through an Lhcx family antenna Lhcx6_1, whereas the heterodimer is formed by Lhcf6 and Lhcf11 and connects to the core together with an Lhcf5 monomer through Lhca2 monomer. An extended pigment network consisting of diatoxanthins, diadinoxanthins, fucoxanthins, and chlorophylls is revealed, which functions in efficient light harvesting, energy transfer, and dissipation. These results provide a structural basis for revealing the energy transfer and dissipation mechanisms and also for the structural diversity of FCP antennas in diatoms.
履歴
登録2023年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade
4: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
5: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6
6: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,93978
ポリマ－77,8424
非ポリマー58,09774
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 34

#1: タンパク質 Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade


分子量: 24100.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8BUU4
#2: タンパク質 Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid


分子量: 17745.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8BVI1

-
Fucoxanthin chlorophyll a/c protein ... , 2種, 2分子 56

#3: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6


分子量: 17614.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8BX92
#4: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5


分子量: 18380.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8CEV5

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糖 , 2種, 3分子

#11: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 7種, 71分子

#5: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物 ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: M1 local refinement in the PSII-FCPII from the Thalassiosira pseudonana at 3.19 angstrom
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97098 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0069641
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.97113369
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.822924
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041013
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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