PDB-8iz2: Single excitation and two emissions pH sensor protein (SITE-pHori...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iz2

タイトル

Single excitation and two emissions pH sensor protein (SITE-pHorin)_C203E_pH8.0

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / monomer

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.572 Å

データ登録者

Kang, J.S. / Li, S.A.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2025
タイトル: A unified intracellular pH landscape with SITE-pHorin: a quantum-entanglement-enhanced pH probe.
著者: Li, S.A. / Meng, X.Y. / Zhang, S. / Zhang, Y.J. / Yang, R.Z. / Wang, D.D. / Yang, Y. / Liu, P.P. / Kang, J.S.

履歴

登録	2023年4月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月22日	Group: Author supporting evidence / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 2.0	2026年3月18日	Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.grant_number

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iz2.cif.gz	70.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iz2.ent.gz	47.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iz2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/8iz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/8iz2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iyyC 8iyzC 8iz0C 8iz1C 8iz3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.024, 62.896, 67.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 27703.176 Da / 分子数: 1 変異: C48S, F64L, S65T, S72A, N146F, H148G, M153T, V163A, S175G, T203E, A206K, H231L 由来タイプ: 組換発現詳細: Author stated: The SITE-pHorin is the cyan fluorescence protein mTurquoise2 mutant. The mTurquoise2 was firstly designed in the paper (DOI: 10.1038/ncomms1738, PDB ID: 3ztf) 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 8000, MgCl2, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 32699 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 38
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.78 / Num. unique obs: 1645 / R_pim(I) all: 0.108 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.572→42.236 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.331 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1803	1619	4.964 %
R_work	0.1595	30996	-
all	0.161	-	-
obs	-	32615	99.758 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.003 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.009 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.572→42.236 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1818	0	22	252	2092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.797	1.664	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.574	1.6	4149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.075	5	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.493	24.388	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.1	15	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.39	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	287
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	899
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.096	0.2	981
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.271	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.312	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.117	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.653	1.611	935
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.649	1.606	933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.376	2.418	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.377	2.417	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.274	1.934	984
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.273	1.935	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.018	2.757	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.016	2.759	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.046	20.211	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.92	19.497	2010

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.572-1.613	0.211	112	0.177	2221	X-RAY DIFFRACTION	98.1489
1.613-1.657	0.201	118	0.172	2192	X-RAY DIFFRACTION	99.8703
1.657-1.705	0.212	128	0.163	2126	X-RAY DIFFRACTION	99.9557
1.705-1.758	0.237	98	0.161	2096	X-RAY DIFFRACTION	100
1.758-1.815	0.208	94	0.149	2028	X-RAY DIFFRACTION	99.9529
1.815-1.879	0.176	108	0.142	1963	X-RAY DIFFRACTION	99.9517
1.879-1.95	0.185	86	0.186	1871	X-RAY DIFFRACTION	99.0385
1.95-2.029	0.177	93	0.148	1837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.029-2.119	0.194	97	0.164	1755	X-RAY DIFFRACTION	99.8921
2.119-2.222	0.174	99	0.147	1656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.222-2.342	0.211	113	0.175	1578	X-RAY DIFFRACTION	99.8819
2.342-2.484	0.138	68	0.141	1537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.484-2.655	0.162	72	0.148	1419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.655-2.867	0.167	73	0.153	1352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.867-3.139	0.189	72	0.152	1229	X-RAY DIFFRACTION	100
3.139-3.508	0.137	48	0.164	1142	X-RAY DIFFRACTION	100
3.508-4.047	0.171	44	0.147	1013	X-RAY DIFFRACTION	99.9055
4.047-4.946	0.168	45	0.146	868	X-RAY DIFFRACTION	100
4.946-6.955	0.191	27	0.202	696	X-RAY DIFFRACTION	100
6.955-42.236	0.222	24	0.211	417	X-RAY DIFFRACTION	99.7738

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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