PDB-8iz0: mTurquoise2 W66Y

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iz0

タイトル

mTurquoise2 W66Y

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / monomer

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Li, S.A. / Kang, J.S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A unified intracellular pH spectrum with sitepHorin-a quantum-entanglement-based pH-sensitive and ratiometric fluorescent protein
著者: Li, S.A. / Kang, J.S.

履歴

登録	2023年4月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iz0.cif.gz	63.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iz0.ent.gz	44.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/8iz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/8iz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iyyC 8iyzC 8iz1C 8iz2C 8iz3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.503, 63.357, 66.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 27735.242 Da / 分子数: 1 / 変異: F64L,S72A,N146F,H148D,M153T,V163A,S175G,A206K,H231L / 由来タイプ: 組換発現詳細: Author stated: The SITE-pHorin is the cyan fluorescence protein mTurquoise2 mutant with C48S, S65T, W66Y, D148G, T203C. The mTurquoise2 was firstly designed in the paper (DOI: 10.1038/ncomms1738, PDB ID: 3ztf) 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10% PEG 8000, 100 mm MgCl2, 100 mm HEPES PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 13253 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 13.21
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.759 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 649 / R_pim(I) all: 0.267 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP	11.6.04	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→34.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 4.716 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19917	655	5 %	RANDOM
R_work	0.17341	-	-	-
obs	0.17463	12558	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.17 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.41 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→34.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1822	0	0	135	1957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.664	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.353	1.595	3991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.309	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.828	24.33	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.969	15	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.798	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.549	2.839	908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.533	2.834	907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.589	4.248	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.588	4.253	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.862	3.281	969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.861	3.285	970
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.071	4.735	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.25	33.721	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.209	33.545	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.151 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	51	-
R_work	0.2	881	-
obs	-	-	95.88 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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