PDB-8iyp: Crystal structure of serine palmitoyltransferase soaked in 190 mM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iyp

タイトル

Crystal structure of serine palmitoyltransferase soaked in 190 mM D-serine solution

要素

Serine palmitoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / sphingolipid

機能・相同性

機能・相同性情報

8-amino-7-oxononanoate synthase activity / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingolipid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobacterium multivorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.651 Å

データ登録者

Takahashi, A. / Murakami, T. / Katayama, A. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Ikushiro, H. / Yano, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Racemization of the substrate and product by serine palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum yields two enantiomers of the product from d-serine.
著者: Ikushiro, H. / Honda, T. / Murai, Y. / Murakami, T. / Takahashi, A. / Sawai, T. / Goto, H. / Ikushiro, S.I. / Miyahara, I. / Hirabayashi, Y. / Kamiya, N. / Monde, K. / Yano, T.

履歴

登録	2023年4月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iyp.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iyp.ent.gz	78.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iyp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iyp_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iyp_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8iyp_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	8iyp_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iytC 3a2bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.975, 60.975, 207.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-694- HOH

#1: タンパク質	Serine palmitoyltransferase / SPT 分子量: 43822.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobacterium multivorum (バクテリア) 遺伝子: spt, I6J33_20140, NCTC11343_02561, SPHINGO8BC_150128 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7BFV6, serine C-palmitoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLS / [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE / PYRIDOXYL-SERINE-5-MONOPHOSPHATE 分子量: 336.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 47801 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 38.7
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / Num. unique obs: 67830 / CC_1/2: 0.991

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A2B

3a2b

解像度: 1.651→42.248 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.191 / WR_factor R_work: 0.152 / SU B: 1.565 / SU ML: 0.054 / Average fsc free: 0.9763 / Average fsc work: 0.9852 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1842	4946	10.347 %
R_work	0.1487	42855	-
all	0.152	-	-
obs	-	47801	99.15 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.502 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.618 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.618 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.237 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.651→42.248 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3035	0	50	407	3492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.682	1.639	4491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.569	1.574	7317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.322	5	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.237	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.889	10	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.874	10	139
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.222	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.131	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.597	1.695	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.597	1.695	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.117	3.042	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.117	3.041	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.687	2.033	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.686	2.035	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.003	3.579	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.002	3.58	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.286	22.977	3989
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.286	22.981	3990

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.651-1.693	0.245	364	0.2	2834	0.205	3506	0.964	0.978	91.2151	0.167
1.693-1.74	0.216	352	0.178	2982	0.182	3388	0.973	0.982	98.4061	0.151
1.74-1.79	0.205	370	0.164	2937	0.168	3309	0.978	0.985	99.9396	0.141
1.79-1.845	0.216	326	0.164	2885	0.169	3211	0.97	0.983	100	0.142
1.845-1.906	0.195	316	0.155	2839	0.159	3155	0.975	0.984	100	0.135
1.906-1.972	0.198	311	0.148	2707	0.153	3018	0.976	0.985	100	0.134
1.972-2.047	0.187	288	0.153	2615	0.157	2903	0.976	0.985	100	0.143
2.047-2.13	0.199	278	0.158	2544	0.162	2822	0.976	0.984	100	0.148
2.13-2.224	0.182	270	0.146	2454	0.15	2724	0.978	0.987	100	0.14
2.224-2.333	0.176	282	0.143	2322	0.147	2604	0.979	0.988	100	0.139
2.333-2.458	0.184	258	0.137	2233	0.141	2491	0.978	0.988	100	0.135
2.458-2.607	0.173	222	0.135	2125	0.139	2347	0.982	0.988	100	0.137
2.607-2.786	0.18	241	0.138	2002	0.143	2243	0.979	0.988	100	0.143
2.786-3.008	0.192	223	0.145	1846	0.15	2069	0.976	0.986	100	0.155
3.008-3.294	0.187	214	0.147	1719	0.152	1933	0.978	0.985	100	0.161
3.294-3.68	0.186	186	0.144	1581	0.148	1767	0.977	0.987	100	0.163
3.68-4.244	0.143	147	0.129	1422	0.13	1569	0.988	0.99	100	0.153
4.244-5.184	0.156	130	0.14	1231	0.141	1361	0.989	0.99	100	0.17
5.184-7.277	0.21	103	0.181	985	0.183	1088	0.975	0.983	100	0.215
7.277-42.248	0.167	65	0.171	592	0.171	682	0.981	0.981	96.3343	0.224

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