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- PDB-8iya: Complex of SETDB1-derived peptide bound to UBE2E1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iya
タイトルComplex of SETDB1-derived peptide bound to UBE2E1
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
キーワードPROTEIN BINDING / Ubiquitin / Recognition / Conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 transferase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / ISG15-protein conjugation / histone H3K9 monomethyltransferase activity / heterochromatin organization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / transposable element silencing by heterochromatin formation / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins ...ISG15 transferase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / ISG15-protein conjugation / histone H3K9 monomethyltransferase activity / heterochromatin organization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / transposable element silencing by heterochromatin formation / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / Phosphorylation of the APC/C / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / histone H3 methyltransferase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / protein monoubiquitination / ubiquitin ligase complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / protein K48-linked ubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / promoter-specific chromatin binding / ISG15 antiviral mechanism / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / PKMTs methylate histone lysines / Separation of Sister Chromatids / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / chromosome / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / methylation / protein ubiquitination / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 / Domain of unknown function DUF5604 / Domain of unknown function (DUF5604) / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / Histone methyltransferase, Tudor domain 1 / Histone methyltransferase, Tudor domain 2 / Histone methyltransferase Tudor domain / Histone methyltransferase Tudor domain 1 / : / : ...Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 / Domain of unknown function DUF5604 / Domain of unknown function (DUF5604) / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / Histone methyltransferase, Tudor domain 1 / Histone methyltransferase, Tudor domain 2 / Histone methyltransferase Tudor domain / Histone methyltransferase Tudor domain 1 / : / : / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Tudor domain / Tudor domain / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 / Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Du, Y.X. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22137005, 92253302, 22227810 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure-guided engineering enables E3 ligase-free and versatile protein ubiquitination via UBE2E1.
著者: Wu, X. / Du, Y. / Liang, L.J. / Ding, R. / Zhang, T. / Cai, H. / Tian, X. / Pan, M. / Liu, L.
履歴
登録2023年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
D: Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
E: Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
F: Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9609
ポリマ－59,6726
非ポリマー2883
水64936
1
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
D: Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9873
ポリマ－19,8912
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
2
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
E: Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9873
ポリマ－19,8912
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9000 Å2
手法PISA
3
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
F: Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9873
ポリマ－19,8912
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.747, 50.077, 109.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.754, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme E1 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme E1 / UbcH6 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme E1 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme E1 / UbcH6 / Ubiquitin carrier protein E1 / Ubiquitin-protein ligase E1


分子量: 19203.832 Da / 分子数: 3 / 変異: C67S, C122P, C153S, C159P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2E1, UBCH6 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51965, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 / ERG-associated protein with SET domain / ESET / Histone H3-K9 methyltransferase 4 / H3-K9-HMTase 4 ...ERG-associated protein with SET domain / ESET / Histone H3-K9 methyltransferase 4 / H3-K9-HMTase 4 / Lysine N-methyltransferase 1E / SET domain bifurcated 1


分子量: 686.689 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETDB1, ESET, KIAA0067, KMT1E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q15047, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0 M Lithium sulfate, 0.1 M MES pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→109.2 Å / Num. obs: 21079 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 48.58 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.43→2.57 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 14473 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.311 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.43→41.42 Å / SU ML: 0.2773 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.9187
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 1045 4.96 %
Rwork0.2047 20025 -
obs0.2069 21070 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→41.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3862 0 15 36 3913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00953977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13585425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0616602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.35821484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.560.31011660.26742809X-RAY DIFFRACTION99.73
2.56-2.720.30171370.25132866X-RAY DIFFRACTION99.9
2.72-2.930.31771430.24152854X-RAY DIFFRACTION99.93
2.93-3.230.34271640.24342818X-RAY DIFFRACTION99.8
3.23-3.690.28781320.22342875X-RAY DIFFRACTION99.77
3.7-4.650.20161360.17812883X-RAY DIFFRACTION99.37
4.65-41.420.1941670.17562920X-RAY DIFFRACTION98.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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