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万見
- PDB-8iy6: ETB-Gi complex bound to Endotheline-1, focused on receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iy6
タイトルETB-Gi complex bound to Endotheline-1, focused on receptor
要素
  • Endothelin type B receptor
  • Endothelin-1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Class A GPCR / Endothelin / Gi / Vasoactive peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / endothelin A receptor binding / protein kinase C deactivation / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / positive regulation of artery morphogenesis ...positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / endothelin A receptor binding / protein kinase C deactivation / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / positive regulation of artery morphogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / body fluid secretion / neural crest cell fate commitment / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / positive regulation of renal sodium excretion / histamine secretion / leukocyte activation / maternal process involved in parturition / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / rough endoplasmic reticulum lumen / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of hormone secretion / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / Weibel-Palade body / response to leptin / endothelin receptor signaling pathway / response to ozone / podocyte differentiation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / renal sodium ion absorption / artery smooth muscle contraction / glomerular filtration / axonogenesis involved in innervation / positive regulation of cation channel activity / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to luteinizing hormone stimulus / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / regulation of pH / positive regulation of prostaglandin secretion / respiratory gaseous exchange by respiratory system / basal part of cell / cellular response to mineralocorticoid stimulus / positive regulation of smooth muscle contraction / response to salt / positive regulation of urine volume / positive regulation of hormone secretion / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / vasoconstriction / negative regulation of blood coagulation / : / embryonic heart tube development / dorsal/ventral pattern formation / axon extension / superoxide anion generation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of signaling receptor activity / cartilage development / middle ear morphogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / negative regulation of protein metabolic process / prostaglandin biosynthetic process / cellular response to fatty acid / nitric oxide transport / positive regulation of heart rate / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / response to dexamethasone / response to testosterone / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / thyroid gland development / membrane depolarization / positive regulation of cell size / cellular response to interleukin-1 / regulation of vasoconstriction / response to amino acid / canonical Wnt signaling pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of JUN kinase activity / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / transport vesicle / protein kinase A signaling / response to muscle stretch / response to amphetamine / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of calcium-mediated signaling / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of endothelial cell migration / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic nuclear division / cellular response to calcium ion
類似検索 - 分子機能
Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Sano, F.K. / Akasaka, H. / Shihoya, W. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the endothelin-1-ET-G complex.
著者: Fumiya K Sano / Hiroaki Akasaka / Wataru Shihoya / Osamu Nureki /
要旨: The endothelin ET receptor is a promiscuous G-protein coupled receptor that is activated by vasoactive peptide endothelins. ET signaling induces reactive astrocytes in the brain and vasorelaxation in ...The endothelin ET receptor is a promiscuous G-protein coupled receptor that is activated by vasoactive peptide endothelins. ET signaling induces reactive astrocytes in the brain and vasorelaxation in vascular smooth muscle. Consequently, ET agonists are expected to be drugs for neuroprotection and improved anti-tumor drug delivery. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the endothelin-1-ET-G complex at 2.8 Å resolution, with complex assembly stabilized by a newly established method. Comparisons with the inactive ET receptor structures revealed how endothelin-1 activates the ET receptor. The NPxxY motif, essential for G-protein activation, is not conserved in ET, resulting in a unique structural change upon G-protein activation. Compared with other GPCR-G-protein complexes, ET binds G in the shallowest position, further expanding the diversity of G-protein binding modes. This structural information will facilitate the elucidation of G-protein activation and the rational design of ET agonists.
履歴
登録2023年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Endothelin type B receptor
L: Endothelin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9902
ポリマ－69,9902
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Endothelin type B receptor


分子量: 67492.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 cells
#2: タンパク質・ペプチド Endothelin-1 / Preproendothelin-1 / PPET1


分子量: 2497.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05305

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of Endothelin-1, ETB, and Gi / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.3 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 10408

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 260085 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.13→3.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / SU B: 20.883 / SU ML: 0.372 / ESU R: 0.39
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.44265 --
obs0.44265 38845 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 84.927 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 2495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0032554
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5283474
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.413337
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.036418
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004416
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork-2854 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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