PDB-8ixh: Pseudomoans aeruginosa Wildtype Ketopantoate Reductase With 3-Met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ixh

タイトル

Pseudomoans aeruginosa Wildtype Ketopantoate Reductase With 3-Methyl-2-oxovalerate at substrate site

要素

2-dehydropantoate 2-reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PanE2 / 3-Methyl-2-oxovalerate / Ketopantoate Reductase / Pantothenate pathway enzyme

機能・相同性

(3S)-3-methyl-2-oxopentanoic acid / :

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Choudhury, G.B. / Datta, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Implication of Molecular Constraints Facilitating the Functional Evolution of Pseudomonas aeruginosa KPR2 into a Versatile alpha-Keto-Acid Reductase.
著者: Basu Choudhury, G. / Datta, S.

履歴

登録	2023年4月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ixh.cif.gz	370.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ixh.ent.gz	303.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ixh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ixh_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ixh_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8ixh_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	8ixh_validation.cif.gz	55.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ixh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ixh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iwgC 8iwqC 8ix9C 8ixmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-dehydropantoate 2-reductase

B: 2-dehydropantoate 2-reductase

C: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

103 kDa, 3 ポリマー
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1

A: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

A: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

C: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.206, 47.916, 129.233
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	2-dehydropantoate 2-reductase 分子量: 34205.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: K3T18_18035 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8G2Q7Q1
#2: 化合物	ChemComp-1QQ / (3S)-3-methyl-2-oxopentanoic acid / α-オキソ-α-デアミノイソロイシン分子量: 130.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 11% PEG 6000, 100mM Hepes ph 7.5, 200mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→47.62 Å / Num. obs: 66387 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 6616 / CC_1/2: 0.632

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→40.845 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2204	1695	2.55 %
R_work	0.1971	-	-
obs	0.1977	66369	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.845 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7068	0	45	461	7574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.776	9942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.488	5965
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1070
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1325

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.0074	0.3398	136	0.2967	5367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0074-2.0722	0.3175	143	0.2638	5364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1462	0.2865	136	0.2503	5354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1462-2.2322	0.2858	139	0.2297	5350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2322-2.3337	0.2459	149	0.2206	5350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3337-2.4568	0.2588	141	0.2113	5380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.6107	0.2505	138	0.2133	5402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6107-2.8122	0.2755	145	0.211	5387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8122-3.0951	0.2413	145	0.2075	5367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0951-3.5427	0.2127	140	0.1892	5413	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5427-4.4626	0.1572	142	0.1583	5441	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4626-40.845	0.1804	141	0.1734	5499	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2063	0.5526	0.9528	2.1044	1.1257	2.7939	0.097	-0.1454	-0.1053	0.1424	-0.0033	-0.0141	0.2988	0.0998	-0.0939	0.2281	0.0204	0.0118	0.2286	-0.0596	0.2068	-8.6974	-4.0251	49.4287
2	5.6079	-0.0386	-0.3633	0.0353	-0.2411	0.7437	0.0216	0.1883	0.2138	-0.0557	0.0604	-0.0026	0.0024	-0.0069	-0.0541	0.2203	-0.0125	0.0206	0.2082	-0.0512	0.2596	-25.4305	6.1564	45.4765
3	2.5664	0.642	1.0914	3.6394	2.2162	2.9827	0.1207	-0.052	-0.35	0.4667	-0.0012	-0.0863	0.4924	0.0515	-0.1094	0.305	-0.0057	0.0052	0.2158	-0.0324	0.2111	-13.6202	17.8912	18.2212
4	4.6419	0.5107	0.6864	0.7989	-0.0626	0.6573	-0.0777	0.1824	-0.1032	-0.0549	0.1217	-0.0353	-0.0214	0.0939	-0.0088	0.2098	-0.0251	0.0208	0.1761	-0.0484	0.149	-30.2844	26.1625	11.2983
5	1.7976	-1.29	2.3031	2.3554	0.2479	5.5071	0.1902	0.5637	-0.3289	-0.2837	0.0383	-0.2413	0.1634	0.3981	-0.2104	0.2278	0.018	0.0317	0.2294	-0.0975	0.1985	-14.9098	-9.3433	-19.0718
6	3.621	0.2403	4.3423	1.8466	1.7812	6.4441	0.6371	0.2924	-1.0007	0.4669	0.1979	-0.2174	1.4101	0.2622	-0.7815	0.4795	0.0626	-0.0442	0.3176	-0.0911	0.4283	-15.6093	-17.2007	-19.4739
7	3.9626	-0.8541	0.3994	1.8349	0.7222	1.8749	-0.0158	-0.2397	-0.1237	0.2763	0.0867	-0.2015	0.2257	0.0662	-0.061	0.2739	0.0143	-0.0121	0.2046	-0.0384	0.2437	-16.7578	-5.4333	-7.2246
8	3.5164	-0.1946	1.0502	2.3393	1.8454	5.0428	-0.0717	-0.0393	0.1892	0.0319	-0.0415	-0.0513	-0.0264	-0.0029	0.13	0.1461	0.0114	0.0328	0.1235	0.0011	0.1593	-20.9408	-1.1514	-14.474
9	4.6136	-0.7767	-0.3676	0.6625	-0.0621	0.9747	-0.0173	0.6053	0.3351	-0.0934	0.0298	-0.0941	-0.0983	0.0515	-0.0289	0.2606	-0.032	0.0505	0.2668	-0.0097	0.19	-29.5728	4.9452	-20.4071
10	3.3691	-0.8155	0.4511	3.9003	1.7293	4.4946	0.0213	0.8691	-0.1222	-0.881	-0.0231	0.0151	-0.2387	0.1159	0.0338	0.2954	0.0005	0.0517	0.4547	-0.0566	0.2766	-34.9721	1.776	-23.7875
11	5.1229	-0.7615	-0.0271	2.0223	-0.2115	4.4553	-0.1067	-0.1498	-0.0534	0.2873	0.1105	0.2532	0.1319	0.1885	0.0129	0.1797	-0.0128	0.0146	0.2119	-0.0485	0.1894	-37.4461	3.1709	-8.8473
12	6.1325	0.4472	-0.1407	4.4597	-2.0152	7.6465	-0.0618	-0.4746	-0.6244	0.1895	0.134	-0.2812	0.1957	0.1972	0.0259	0.1395	0.0011	-0.0105	0.1976	-0.0019	0.2097	-45.7711	-2.496	-9.0509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 161 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 162 through 314 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 6 through 161 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 162 through 314 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 6 through 26 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 27 through 67 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 68 through 111 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 112 through 161 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 162 through 240 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 241 through 272 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 273 through 297 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 298 through 314 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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