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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ixm | ||||||
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タイトル | Pseudomoans Aerugiona Wildtype Ketopantoate Reductase ternary complex with NADP+ and alpha-Ketoisocaproic acid | ||||||
![]() | 2-dehydropantoate 2-reductase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | 2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Choudhury, G.B. / Datta, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: KEtopantoate reductase of Pseudomonas 著者: Choudhury, G.B. / Dutta, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 262.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 210.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8iwgC ![]() 8ix9C ![]() 8ixhC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 34205.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 424分子 ![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/NHE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/COI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NHE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/COI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-NHE / | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ![]() #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 % |
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結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 8000, 100mM CHES 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.96→23.42 Å / Num. obs: 42331 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.03 Å / Num. unique obs: 4206 / CC1/2: 0.547 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→23.416 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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