PDB-8ix9: Pseudomoans Aerugiona Wildtype Ketopantoate Reductase with NADPH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ix9

タイトル

Pseudomoans Aerugiona Wildtype Ketopantoate Reductase with NADPH

要素

2-dehydropantoate 2-reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PanE2 / PaKPRWT / Ketopantoate Reductase / Pantothenate pathway enzyme.

機能・相同性

FORMIC ACID / Chem-NDP / :

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.198 Å

データ登録者

Choudhury, G.B. / Datta, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Implication of Molecular Constraints Facilitating the Functional Evolution of Pseudomonas aeruginosa KPR2 into a Versatile alpha-Keto-Acid Reductase.
著者: Basu Choudhury, G. / Datta, S.

履歴

登録	2023年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ix9.cif.gz	374.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ix9.ent.gz	305.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ix9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ix9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ix9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iwgC 8iwqC 8ixhC 8ixmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: 2-dehydropantoate 2-reductase

A: 2-dehydropantoate 2-reductase

C: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

105 kDa, 3 ポリマー
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1

B: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

B: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
70.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

C: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.226, 48.153, 128.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	2-dehydropantoate 2-reductase 分子量: 34205.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: K3T18_18035 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8G2Q7Q1
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 200mM Ammonium Formate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.198→26.12 Å / Num. obs: 90500 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8.2 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 4378 / CC_1/2: 0.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
PROTEUM		データ削減
PROTEUM		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.198→25.109 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2101	3894	4.37 %
R_work	0.1763	-	-
obs	0.1778	89046	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.198→25.109 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7117	0	183	727	8027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7470
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.676	10148
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.741	4393
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1093
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1325

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1981-2.2249	0.2975	136	0.2484	2686	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2249-2.253	0.275	125	0.2327	3041	X-RAY DIFFRACTION	98
2.253-2.2827	0.2497	168	0.218	3039	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2827-2.3139	0.2357	108	0.2191	3014	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3139-2.3469	0.225	147	0.2203	2984	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3469-2.3819	0.2898	146	0.2126	3045	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3819-2.4191	0.2657	138	0.2137	3086	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4191-2.4588	0.263	137	0.212	2994	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4588-2.5011	0.2708	143	0.2107	3075	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5011-2.5466	0.2452	147	0.2206	3072	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5466-2.5955	0.2496	125	0.2078	2995	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5955-2.6484	0.2579	139	0.2041	3018	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6484-2.7059	0.2222	146	0.2011	3072	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7059-2.7688	0.2159	132	0.1996	3058	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7688-2.8379	0.2462	151	0.2049	3099	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8379-2.9146	0.2345	129	0.1975	3047	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9146-3.0002	0.2071	158	0.1859	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0002-3.0969	0.2029	132	0.1739	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0969-3.2073	0.2265	142	0.177	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2073-3.3355	0.2086	141	0.1666	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3355-3.4869	0.1918	130	0.1631	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4869-3.6702	0.208	142	0.1506	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6702-3.8994	0.1563	135	0.1365	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8994-4.1992	0.1996	133	0.1363	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1992-4.6194	0.1447	152	0.1233	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6194-5.2824	0.1515	137	0.1341	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2824-6.6349	0.1803	144	0.1782	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6349-25.1	0.1497	131	0.1388	3080	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.41	-0.5509	0.6641	1.6224	-0.7666	1.5918	0.0547	0.0729	-0.1117	-0.053	-0.0028	0.028	0.1491	-0.0264	-0.033	0.0869	-0.0044	0.0078	0.087	0.0016	0.0728	-32.6985	1.4825	0.2979
2	3.531	-0.2937	-0.0437	0.2194	0.0811	0.4736	-0.0211	-0.2193	0.2484	0.0658	0.0584	-0.0625	-0.013	0.0967	-0.021	0.1159	0.003	-0.0013	0.1105	-0.0005	0.1248	-15.8479	11.9052	4.3611
3	1.8556	-0.2927	1.4701	2.664	-0.6492	2.1847	0.0761	0.0424	-0.1923	-0.2097	-0.0013	0.0699	0.2047	-0.0602	-0.088	0.1243	0.0036	0.0116	0.0848	0.0037	0.0993	-29.6507	18.8811	30.2421
4	2.4034	-0.2173	0.4011	0.2403	0.1153	0.4506	-0.0478	-0.1077	0.0395	0.0196	0.059	-0.0006	-0.0373	-0.0302	0.0004	0.1176	0.0156	0.0112	0.0873	0.0302	0.0851	-14.7374	31.5015	36.6413
5	1.662	-0.2384	0.9715	1.7126	0.8215	1.8965	0.0463	0.0963	-0.1883	0.0709	0.0469	-0.057	0.254	0.1427	-0.0482	0.1256	0.0027	0.0054	0.0894	-0.0258	0.1039	-56.0281	-5.1273	34.6926
6	1.7668	-0.0605	0.3466	1.631	1.1409	2.8034	-0.0643	0.0415	0.2285	-0.133	0.0644	-0.0264	-0.1791	0.1858	-0.0224	0.1044	0.0087	0.0006	0.0877	-0.0192	0.1157	-58.4174	7.137	33.2036
7	2.4892	-0.4267	0.4132	1.4416	0.5315	2.3608	0.0115	0.3855	0.1409	-0.1629	0.0166	-0.0336	-0.1404	0.0346	-0.026	0.0873	0.0018	0.0261	0.1536	-0.0011	0.1009	-78.3506	7.8423	28.6263
8	2.4113	0.0802	0.8096	3.3063	0.4765	2.2918	0.0377	-0.2271	0.1886	0.2135	0.075	0.1657	-0.0856	0.1565	-0.0573	0.0716	0.0004	0.0423	0.1376	-0.0593	0.1182	-84.0997	9.1744	40.9269

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 5 through 161 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 162 through 314 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 5 through 96 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 97 through 314 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 1 through 111 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 112 through 188 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 189 through 283 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 284 through 314 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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