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- PDB-8iwh: Structure and characteristics of a photosystem II supercomplex co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iwh
タイトルStructure and characteristics of a photosystem II supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII antennae from the diatom Thalassiosira pseudonana
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Fucoxanthin chlorophyll a/c ...) x 4
  • (Photosystem II ...) x 18
  • Cytochrome c-550
  • Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade
  • Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
  • Oxygen-evolving enhancer protein 1
  • PS II complex 12 kDa extrinsic protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PSII supercomplex / LHCX / FCP
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / plastid ...light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / plastid / extrinsic component of membrane / photosystem II / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / response to light stimulus / photosynthesis / respiratory electron transport chain / chloroplast / electron transfer activity / protein stabilization / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II Psb31 protein / Photosystem II Psb31 protein / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain ...Photosystem II Psb31 protein / Photosystem II Psb31 protein / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem II protein D1 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-ET4 / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorophyll c1 ...Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-ET4 / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorophyll c1 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II protein D1 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein-LI818 clade / Uncharacterized protein / Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade / Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6 / Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type / Photosystem II reaction center M protein, plastid / Oxygen-evolving enhancer protein 1 / PSII 6.1 kDa protein / Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Thalassiosira pseudonana (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Feng, Y. / Li, Z.H. / Wang, W.D. / Shen, J.R.
資金援助 中国, 9件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2019YFA0906300 中国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
Chinese Academy of SciencesXDA26050402 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
Chinese Academy of Sciences2020081 中国
Chinese Academy of SciencesJCTD-2020-06 中国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
Chinese Academy of Sciences32222007 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure of a diatom photosystem II supercomplex containing a member of Lhcx family and dimeric FCPII.
著者: Yue Feng / Zhenhua Li / Xiaoyi Li / Lili Shen / Xueyang Liu / Cuicui Zhou / Jinyang Zhang / Min Sang / Guangye Han / Wenqiang Yang / Tingyun Kuang / Wenda Wang / Jian-Ren Shen /
要旨: Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We ...Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We report a unique structure of photosystem II (PSII)-FCPII supercomplex from at 2.68-Å resolution by cryo-electron microscopy. FCPIIs within this PSII-FCPII supercomplex exist in dimers and monomers, and a homodimer and a heterodimer were found to bind to a PSII core. The FCPII homodimer is formed by Lhcf7 and associates with PSII through an Lhcx family antenna Lhcx6_1, whereas the heterodimer is formed by Lhcf6 and Lhcf11 and connects to the core together with an Lhcf5 monomer through Lhca2 monomer. An extended pigment network consisting of diatoxanthins, diadinoxanthins, fucoxanthins, and chlorophylls is revealed, which functions in efficient light harvesting, energy transfer, and dissipation. These results provide a structural basis for revealing the energy transfer and dissipation mechanisms and also for the structural diversity of FCP antennas in diatoms.
履歴
登録2023年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
d: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
e: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
f: Cytochrome b559 subunit beta
G: Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein
g: Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein
H: Photosystem II reaction center protein H
h: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
i: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
j: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
k: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
l: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center M protein, plastid
m: Photosystem II reaction center M protein, plastid
n: Photosystem II subunit, PsbN.
N: Photosystem II subunit, PsbN.
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1
T: Photosystem II reaction center protein T
t: Photosystem II reaction center protein T
U: PS II complex 12 kDa extrinsic protein
u: PS II complex 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
v: Cytochrome c-550
W: Photosystem II subunit, PsbW
w: Photosystem II subunit, PsbW
X: Photosystem II reaction center X protein
x: Photosystem II reaction center X protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
z: Photosystem II reaction center protein Z
3: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade
4: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
5: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6
6: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
7: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein-LI818 clade
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
Q: Photosystem II subunit, PsbQ.
q: Photosystem II subunit, PsbQ.
0: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein-LI818 clade
9: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type
2: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type
8: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type
1: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,220,690403
ポリマ－948,01656
非ポリマー272,674347
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Photosystem II ... , 18種, 36分子 AaBbCcDdGgHhIiJjKkLlMmnNTtWwXx...

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 36982.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0W2, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein


分子量: 56465.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0P5
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 51776.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0T1
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39089.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0T0, photosystem II
#7: タンパク質 Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein


分子量: 18176.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8CC14
#8: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7391.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0P8
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 3940.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0U9
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 4045.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0T9
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4983.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0S8
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4367.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0U0
#13: タンパク質 Photosystem II reaction center M protein, plastid


分子量: 12051.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8BYH2
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II subunit, PsbN.


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Author stated that sequence was not found / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻)
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3314.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0P6
#19: タンパク質 Photosystem II subunit, PsbW


分子量: 6096.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8C8Y3
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein


分子量: 3933.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0N4
#21: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z


分子量: 6417.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0T3
#27: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3591.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0T2
#28: タンパク質 Photosystem II subunit, PsbQ.


分子量: 22439.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8BSY9

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9521.692 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0U2
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4913.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0U1

-
タンパク質 , 5種, 8分子 OoUuVv34

#15: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1


分子量: 32168.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8C4I5
#17: タンパク質 PS II complex 12 kDa extrinsic protein


分子量: 15486.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8BVI4
#18: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c550


分子量: 17713.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0N2
#22: タンパク質 Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade


分子量: 24100.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8BUU4
#23: タンパク質 Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid


分子量: 21058.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8BVI1

-
Fucoxanthin chlorophyll a/c ... , 4種, 8分子 56709281

#24: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6


分子量: 20872.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8BX92
#25: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5


分子量: 21402.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8CEV5
#26: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c protein-LI818 clade


分子量: 21279.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B5YLU3
#29: タンパク質
Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type


分子量: 20786.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana (珪藻) / 参照: UniProt: B8BX93

-
糖 , 2種, 17分子

#38: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#43: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 17種, 330分子

#30: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#31: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#32: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#33: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#34: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#35: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#36: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#37: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#39: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#40: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#41: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#42: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#44: 化合物 ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5
#45: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6
#46: 化合物
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3
#47: 化合物
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5
#48: 化合物 ChemComp-ET4 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Diatoxanthin / ジアトキサンチン


分子量: 566.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of PSII-FCPII supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII from Thalassiosira pseudonana
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#29 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97098 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00578761
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.742108968
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.41226321
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04210181
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00613743

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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