PDB-8iwg: Pseudomoans Aerugiona Wildtype Ketopantoate Reductase native structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iwg

タイトル

Pseudomoans Aerugiona Wildtype Ketopantoate Reductase native structure

要素

2-dehydropantoate 2-reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PanE2 / PaKPRWT / Ketopantoate Reductase / Pantothenate pathway enzyme.

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Choudhury, G.B. / Datta, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Implication of Molecular Constraints Facilitating the Functional Evolution of Pseudomonas aeruginosa KPR2 into a Versatile alpha-Keto-Acid Reductase.
著者: Basu Choudhury, G. / Datta, S.

履歴

登録	2023年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iwg.cif.gz	253.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iwg.ent.gz	205.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iwg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iwg_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iwg_full_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示
XML形式データ	8iwg_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	8iwg_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iwg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iwqC 8ix9C 8ixhC 8ixmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-dehydropantoate 2-reductase

B: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

A: 2-dehydropantoate 2-reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.098, 47.691, 96.271
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	2-dehydropantoate 2-reductase 分子量: 34205.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: K3T18_18035 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8G2Q7Q1
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: H

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→28.71 Å / Num. obs: 33097 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / Num. unique obs: 3276 / CC_1/2: 0.778

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→28.704 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2278	1927	5.83 %
R_work	0.1948	-	-
obs	0.1967	33074	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.704 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4730	0	6	362	5098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4858
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.682	6590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.395	2901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	712
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	876

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2038	0.3146	136	0.2668	2192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2038-2.2633	0.3291	137	0.2516	2210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2633-2.3299	0.2339	137	0.2487	2207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3299-2.4051	0.2997	137	0.2417	2218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4051-2.491	0.2734	137	0.2322	2228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.491-2.5906	0.2793	135	0.2285	2174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5906-2.7085	0.2752	137	0.2237	2214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7085-2.8511	0.2398	138	0.2193	2215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8511-3.0296	0.2654	137	0.2105	2223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0296-3.2632	0.2283	137	0.2037	2223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2632-3.591	0.2206	139	0.1867	2246	X-RAY DIFFRACTION	100
3.591-4.1094	0.1994	138	0.1653	2227	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1094-5.1724	0.1742	140	0.1507	2268	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1724-28.704	0.1886	142	0.1665	2302	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4555	0.901	0.5454	1.7171	-0.1129	1.6007	-0.1617	0.5345	1.0308	-0.2003	0.2698	0.622	0.0359	-0.2198	-0.0842	0.3101	-0.1913	-0.0244	0.4215	0.1833	0.5025	6.5274	12.8166	12.6542
2	2.4061	1.4009	-0.2466	1.5244	-0.0502	1.3348	-0.0882	0.2224	0.4326	0.0222	0.1235	0.407	0.1006	-0.196	0.0576	0.2768	-0.1861	-0.0059	0.3486	0.044	0.3227	1.4555	1.1649	16.231
3	1.3867	0.7832	0.9515	0.5439	-0.0765	5.0167	-0.0895	0.1818	-0.0662	-0.1441	0.2771	-0.1437	0.232	0.0956	-0.1125	0.2399	-0.0417	0.0087	0.2314	-0.0323	0.2019	11.7616	-3.3973	31.0902
4	2.0635	0.5972	0.9884	1.7641	-0.611	1.6992	-0.0327	-0.0219	0.3455	0.1978	-0.0803	0.0829	-0.4184	0.1017	-0.0299	0.2429	-0.1044	0.0147	0.152	0.002	0.2504	36.7094	32.6449	13.0362
5	0.4797	0.6818	0.4653	1.3203	-0.1273	2.3849	0.095	0.0508	-0.0241	0.1364	-0.0626	-0.1042	0.1218	0.2548	-0.0061	0.1424	-0.0466	0.0127	0.1766	-0.0015	0.2192	38.9604	20.2693	15.3387
6	1.2485	0.6495	0.7872	1.6607	0.6768	4.8188	-0.1179	0.1845	-0.0289	-0.0833	0.2946	-0.0839	-0.0332	0.9163	-0.1022	0.2026	-0.0491	0.0203	0.3055	-0.0342	0.1673	42.4513	20.3616	36.0581

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 161 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 162 through 314 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 111 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 112 through 188 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 189 through 314 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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