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万見
- PDB-8ivx: Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-14 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ivx
タイトルCrystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-14 Fab fragment
要素
  • Heavy chain of antibody 14V4 Fab fragment
  • Light chain of antibody 14V4 Fab fragment
  • aNRP2-14
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Complex / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus ...vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / NrCAM interactions / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / vascular endothelial growth factor receptor activity / nerve development / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / outflow tract septum morphogenesis / regulation of postsynapse organization / negative chemotaxis / growth factor binding / cytokine binding / semaphorin-plexin signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / axon guidance / cellular response to leukemia inhibitory factor / signaling receptor activity / heparin binding / angiogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / axon / glutamatergic synapse / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. ...Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Geng, Y. / Zhai, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: Inhibition of VEGF binding to neuropilin-2 enhances chemosensitivity and inhibits metastasis in triple-negative breast cancer.
著者: Xu, Z. / Goel, H.L. / Burkart, C. / Burman, L. / Chong, Y.E. / Barber, A.G. / Geng, Y. / Zhai, L. / Wang, M. / Kumar, A. / Menefee, A. / Polizzi, C. / Eide, L. / Rauch, K. / Rahman, J. / ...著者: Xu, Z. / Goel, H.L. / Burkart, C. / Burman, L. / Chong, Y.E. / Barber, A.G. / Geng, Y. / Zhai, L. / Wang, M. / Kumar, A. / Menefee, A. / Polizzi, C. / Eide, L. / Rauch, K. / Rahman, J. / Hamel, K. / Fogassy, Z. / Klopp-Savino, S. / Paz, S. / Zhang, M. / Cubitt, A. / Nangle, L.A. / Mercurio, A.M.
履歴
登録2023年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_planes
Item: _pdbx_validate_planes.type
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aNRP2-14
H: Heavy chain of antibody 14V4 Fab fragment
L: Light chain of antibody 14V4 Fab fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5454
ポリマ－114,4833
非ポリマー621
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.501, 89.411, 130.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-565-

HOH

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要素

#1: タンパク質 aNRP2-14 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor 2


分子量: 65954.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP2, VEGF165R2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60462
#2: 抗体 Heavy chain of antibody 14V4 Fab fragment


分子量: 24742.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of antibody 14V4 Fab fragment


分子量: 23785.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 30% PEG300, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月17日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 78778 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 23.28
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 3849 / CC1/2: 0.816 / Rpim(I) all: 0.264 / Rrim(I) all: 0.649 / Χ2: 0.633 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→46.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.705 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22547 4067 5.2 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.19284 74703 97.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å2-1.04 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6527 0 4 416 6947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0166709
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0571.8039123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3651.55913817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5795.203861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.247101074
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1452.3333334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1422.3333334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2133.4684150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2173.4694151
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5972.7433375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5962.7443376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3133.9474974
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.86131.0827104
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.8529.7767027
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 256 -
Rwork0.3 5286 -
obs--92.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.004-0.1166-0.29861.4313-0.05831.5840.0574-0.35880.00450.4828-0.0140.0931-0.1024-0.0588-0.04350.3291-0.06320.03310.35150.00030.0071-23.218-15.15150.332
20.37630.0871-0.18150.8114-0.35531.8510.00740.0388-0.0053-0.1311-0.0384-0.02650.04490.01890.0310.0790.0120.00370.0735-0.00560.0018-21.882-8.9021.859
30.24690.0584-0.14380.6032-0.07741.8325-0.00230.0419-0.0004-0.064-0.03370.0540.00370.00280.0360.11860.0195-0.00960.1063-0.0030.0332-19.968.322-4.711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A149 - 595
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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