PDB-8iuu: Crystal structure of Manganese-rebound N(omega)-hydroxy-L-arginin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iuu

タイトル

Crystal structure of Manganese-rebound N(omega)-hydroxy-L-arginine hydrolase with oxidized Cys86

要素

N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Nomega-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / antibiotic biosynthetic process / manganese ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces lavendulae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Oda, K. / Matoba, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Copper inactivates DcsB by oxidation of the Cys86 to cysteine sulfinic aicd
著者: Oda, K. / Komaguchi, K. / Matoba, Y.

履歴

登録	2023年3月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iuu.cif.gz	130.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iuu.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iuu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iuu_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iuu_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	8iuu_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	8iuu_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iuu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iuu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iusC 8iutC 8iuvC 8iuwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase

B: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase

ヘテロ分子

60.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.940, 46.743, 58.338
Angle α, β, γ (deg.)	85.33, 86.91, 70.59
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / hydroxyarginase 分子量: 30016.701 Da / 分子数: 2 / 断片: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae (バクテリア) 遺伝子: dcsB / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: D2Z025, Nomega-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: PEG 4000, MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→43.99 Å / Num. obs: 110843 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 0.58 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 225171
反射シェル	解像度: 1.26→1.28 Å / % possible obs: 49.7 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.548 / Num. measured all: 5911 / Num. unique obs: 3037 / CC_1/2: 0.538 / R_pim(I) all: 0.485 / R_rim(I) all: 0.734 / Χ²: 0.59 / Net I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: 000)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.26→35.22 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 18.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1865	5468	4.93 %
R_work	0.1645	-	-
obs	0.1656	110834	89.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→35.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4057	0	5	582	4644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4183
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	5729
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.727	602
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	661
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	768

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.26-1.27	0.2742	86	0.2553	1901	X-RAY DIFFRACTION	48
1.27-1.29	0.2822	107	0.2338	2053	X-RAY DIFFRACTION	54
1.29-1.31	0.2677	115	0.2282	2436	X-RAY DIFFRACTION	61
1.31-1.32	0.1936	127	0.2182	2731	X-RAY DIFFRACTION	71
1.32-1.34	0.2392	188	0.2189	3434	X-RAY DIFFRACTION	87
1.34-1.36	0.2124	162	0.2064	3508	X-RAY DIFFRACTION	89
1.36-1.38	0.2139	196	0.1952	3555	X-RAY DIFFRACTION	91
1.38-1.4	0.2206	147	0.1903	3640	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4-1.42	0.2095	214	0.1866	3675	X-RAY DIFFRACTION	94
1.42-1.44	0.197	204	0.183	3612	X-RAY DIFFRACTION	94
1.44-1.47	0.2137	207	0.1834	3690	X-RAY DIFFRACTION	94
1.47-1.49	0.2198	172	0.1771	3672	X-RAY DIFFRACTION	94
1.49-1.52	0.2017	220	0.1724	3688	X-RAY DIFFRACTION	94
1.52-1.55	0.1989	200	0.1736	3657	X-RAY DIFFRACTION	95
1.55-1.59	0.1858	195	0.1656	3689	X-RAY DIFFRACTION	94
1.59-1.62	0.1831	227	0.164	3686	X-RAY DIFFRACTION	95
1.62-1.67	0.178	180	0.1629	3749	X-RAY DIFFRACTION	95
1.67-1.71	0.1977	195	0.1653	3687	X-RAY DIFFRACTION	95
1.71-1.76	0.2006	172	0.1704	3727	X-RAY DIFFRACTION	95
1.76-1.82	0.186	212	0.1674	3700	X-RAY DIFFRACTION	96
1.82-1.88	0.2034	187	0.1602	3751	X-RAY DIFFRACTION	96
1.88-1.96	0.1842	211	0.1652	3756	X-RAY DIFFRACTION	96
1.96-2.05	0.1917	194	0.1593	3745	X-RAY DIFFRACTION	96
2.05-2.15	0.1794	170	0.1583	3773	X-RAY DIFFRACTION	96
2.15-2.29	0.1918	162	0.1549	3793	X-RAY DIFFRACTION	96
2.29-2.47	0.1753	212	0.1624	3752	X-RAY DIFFRACTION	97
2.47-2.71	0.1881	225	0.1682	3793	X-RAY DIFFRACTION	98
2.71-3.11	0.1893	206	0.1679	3837	X-RAY DIFFRACTION	98
3.11-3.91	0.168	202	0.1441	3828	X-RAY DIFFRACTION	98
3.91-35.22	0.1542	173	0.1478	3848	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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