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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iun | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the CRT-LESS RC-LH core complex from roseiflexus castenholzii | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / CRT-LESS RC-LH CORE COMPLEX / ROSEIFLEXUS CASTENHOLZII | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Roseiflexus castenholzii (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang, G.-L. / Qi, C.-H. / Yu, L.-J. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023 タイトル: New insights on the photocomplex of Roseiflexus castenholzii revealed from comparisons of native and carotenoid-depleted complexes. 著者: Chen-Hui Qi / Guang-Lei Wang / Fang-Fang Wang / Yueyong Xin / Mei-Juan Zou / Michael T Madigan / Zheng-Yu Wang-Otomo / Fei Ma / Long-Jiang Yu / 要旨: In wild-type phototrophic organisms, carotenoids (Crts) are primarily packed into specific pigment-protein complexes along with (Bacterio)chlorophylls and play important roles in the photosynthesis. ...In wild-type phototrophic organisms, carotenoids (Crts) are primarily packed into specific pigment-protein complexes along with (Bacterio)chlorophylls and play important roles in the photosynthesis. Diphenylamine (DPA) inhibits carotenogenesis but not phototrophic growth of anoxygenic phototrophs and eliminates virtually all Crts from photocomplexes. To investigate the effect of Crts on assembly of the reaction center-light-harvesting (RC-LH) complex from the filamentous anoxygenic phototroph Roseiflexus (Rfl.) castenholzii, we generated carotenoidless (Crt-less) RC-LH complexes by growing cells in the presence of DPA. Here, we present cryo-EM structures of the Rfl. castenholzii native and Crt-less RC-LH complexes with resolutions of 2.86 Å and 2.85 Å, respectively. From the high-quality map obtained, several important but previously unresolved details in the Rfl. castenholzii RC-LH structure were determined unambiguously including the assignment and likely function of three small polypeptides, and the content and spatial arrangement of Crts with bacteriochlorophyll molecules. The overall structures of Crt-containing and Crt-less complexes are similar. However, structural comparisons showed that only five Crts remain in complexes from DPA-treated cells and that the subunit X (TMx) flanked on the N-terminal helix of the Cyt-subunit is missing. Based on these results, the function of Crts in the assembly of the Rfl. castenholzii RC-LH complex and the molecular mechanism of quinone exchange is discussed. These structural details provide a fresh look at the photosynthetic apparatus of an evolutionary ancient phototroph as well as new insights into the importance of Crts for proper assembly and functioning of the RC-LH complex. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iun.cif.gz | 545 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iun.ent.gz | 468.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iun | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 35727MC 8iugC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 18分子 WUSQOKIGEB08642MLC
#1: タンパク質 | 分子量: 6432.513 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NQE9 #2: タンパク質 | 分子量: 71707.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (バクテリア) / 参照: UniProt: Q83XD0 #6: タンパク質 | | 分子量: 34923.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (バクテリア) / 参照: UniProt: Q83XC9 |
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-タンパク質・ペプチド , 2種, 16分子 HJNPRTV13579ADFZ
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4724.656 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (バクテリア) / 参照: UniProt: Q83XD1 #7: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 740.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (バクテリア) |
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-Reaction center small ... , 2種, 2分子 Yh
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4493.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (バクテリア) |
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#5: タンパク質 | 分子量: 6927.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (バクテリア) |
-糖 , 2種, 16分子
#14: 糖 | ChemComp-BGL / #16: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 12種, 112分子
#8: 化合物 | ChemComp-BCL / #9: 化合物 | ChemComp-PGV / ( #10: 化合物 | ChemComp-U4Z / #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-MN / | #13: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-PEF / #17: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子量: 691.959 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 #18: 化合物 | ChemComp-CDL / | #19: 化合物 | ChemComp-LHG / | #20: 化合物 | ChemComp-HEC / #21: 化合物 | ChemComp-CA / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CRT-LESS RC-LH CORE COMPLEX / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 56 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 373675 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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