PDB-8ith: Crystal structure of lasso peptide epimerase MslH H295N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ith

タイトル

Crystal structure of lasso peptide epimerase MslH H295N

要素

Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

キーワード

ISOMERASE / epimerase / MslH / MslA / lasso peptide / RiPPs / MS-271

機能・相同性

Bacterial capsule synthesis protein PGA_cap / Capsule synthesis protein, CapA / Bacterial capsule synthesis protein PGA_cap / Metallo-dependent phosphatase-like / metal ion binding / Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces griseorubiginosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Hiroyuki, M.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of lasso peptide epimerase MslH reveals metal-dependent acid/base catalytic mechanism.
著者: Nakashima, Y. / Kawakami, A. / Ogasawara, Y. / Maeki, M. / Tokeshi, M. / Dairi, T. / Morita, H.

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ith.cif.gz	216.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ith.ent.gz	143.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ith.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ith_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ith_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	8ith_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	8ith_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8ith ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8ith	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gq9C 8gqaC 8gqbC 8itgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

ヘテロ分子

47.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

ヘテロ分子

x 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
381 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_556	-x,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	x,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	7_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	8_556	-y,-x,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.888, 127.888, 171.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein) 分子量: 47295.359 Da / 分子数: 1 / 変異: H295N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseorubiginosus (バクテリア) 遺伝子: EV578_104528 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V2TW40
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl, 28% (w/v) PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.035 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.035 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→45.22 Å / Num. obs: 43288 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 46.69 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2797 / CC_1/2: 0.787 / R_pim(I) all: 0.515 / R_rim(I) all: 1.071 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→45.22 Å / SU ML: 0.3176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5357
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2156	3755	8.67 %
R_work	0.183	39533	-
obs	0.1859	43288	97.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→45.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3295	0	18	114	3427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	3434
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5068	4679
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0416	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	631
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.3128	1270

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.58	0.3613	145	0.3069	1471	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.58-2.62	0.3465	132	0.2991	1505	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.62-2.65	0.3331	134	0.2775	1499	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.65-2.69	0.2958	142	0.2623	1454	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.69-2.73	0.2984	132	0.2541	1479	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.73-2.77	0.3252	147	0.2375	1482	X-RAY DIFFRACTION	97.78
2.77-2.82	0.3158	136	0.2463	1438	X-RAY DIFFRACTION	97.16
2.82-2.87	0.2747	137	0.2349	1446	X-RAY DIFFRACTION	96.29
2.87-2.92	0.285	137	0.2174	1444	X-RAY DIFFRACTION	96.76
2.92-2.98	0.2734	144	0.2263	1460	X-RAY DIFFRACTION	96.57
2.98-3.04	0.2344	139	0.2212	1434	X-RAY DIFFRACTION	96.86
3.04-3.1	0.231	139	0.226	1447	X-RAY DIFFRACTION	97.36
3.1-3.17	0.2445	127	0.2026	1489	X-RAY DIFFRACTION	98
3.17-3.25	0.2482	146	0.1999	1435	X-RAY DIFFRACTION	98.57
3.25-3.34	0.2168	136	0.1821	1490	X-RAY DIFFRACTION	97.72
3.34-3.44	0.2217	134	0.1722	1482	X-RAY DIFFRACTION	97.88
3.44-3.55	0.1995	155	0.1655	1467	X-RAY DIFFRACTION	98.36
3.55-3.68	0.1967	141	0.1579	1462	X-RAY DIFFRACTION	98.34
3.68-3.82	0.1667	139	0.1594	1451	X-RAY DIFFRACTION	98.33
3.82-4	0.1913	160	0.1508	1468	X-RAY DIFFRACTION	98.13
4-4.21	0.1594	141	0.1435	1464	X-RAY DIFFRACTION	98.29
4.21-4.47	0.1609	129	0.1398	1490	X-RAY DIFFRACTION	98.06
4.47-4.82	0.1822	135	0.1485	1460	X-RAY DIFFRACTION	97.85
4.82-5.3	0.1868	140	0.152	1454	X-RAY DIFFRACTION	97.49
5.3-6.07	0.2245	142	0.189	1459	X-RAY DIFFRACTION	97.21
6.07-7.63	0.2149	116	0.1953	1469	X-RAY DIFFRACTION	96.88
7.64-45.22	0.1956	150	0.1716	1434	X-RAY DIFFRACTION	95.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.425870420946	-0.0393183543376	-0.0675284919536	0.150986410512	-0.0832196735617	0.109202987767	0.0722436875462	-0.00230972649395	-0.0834673597878	-0.0480605952688	-0.050668411189	0.0605717272153	-0.193856828829	-0.138435009659	2.29356595533E-5	0.316982426661	-0.00230427247593	-0.00574862186031	0.30970832363	-0.00186477818781	0.273793780937	15.7424835567	17.3761576955	61.4287615044
2	0.213763582004	-0.261366980595	-0.130025405467	0.300390443632	0.0706647401143	0.390077163387	-0.0273684996121	-0.0835705486833	-0.0196897035507	0.0291262345424	0.00182446568574	-0.0282968254083	0.0816907352477	0.128243790541	-2.41690217466E-5	0.261017433537	-0.0223016190137	0.00570194441788	0.288911698123	0.0298468795056	0.258551390148	30.3751243615	18.582773437	79.7047516895
3	0.526686411622	0.205484991165	-0.00178373453643	0.298548660351	0.0382971248162	0.414301635148	0.0460017091662	-0.055280005394	0.102161161722	-0.0463074936702	-0.0731758293061	-0.0508523091368	-0.03504459385	0.0780960123236	-6.44886076991E-6	0.274325585583	-0.0169244473456	0.0132896789251	0.310978913604	0.0330660493846	0.310990707287	29.6508384611	24.4033913117	66.5874653049
4	0.0493472147439	0.105410433993	-0.0398271422651	0.21751499522	-0.0918419459348	0.164156933966	0.0340957044754	-0.0516940677055	-0.0565074156289	-0.0547510101954	-0.00316159576794	0.0126206471466	-0.251917617522	-0.0692393394479	-1.72895000942E-6	0.316888656478	4.10683757454E-6	0.0365052683295	0.307870011182	0.0573739878726	0.315580392998	25.2547809789	28.3710990318	48.1443592057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 92 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 93 through 201 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 202 through 386 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 387 through 439 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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