PDB-8itg: Crystal structure of lasso peptide epimerase MslH in complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8itg

タイトル

Crystal structure of lasso peptide epimerase MslH in complexed with precursor peptide variant MslAW21G

要素

Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)
Tricyclic peptide MS-271

キーワード

ISOMERASE / epimerase / MslH / MslA / lasso peptide / RiPPs / MS-271

機能・相同性

Bacterial capsule synthesis protein PGA_cap / Capsule synthesis protein, CapA / Bacterial capsule synthesis protein PGA_cap / Metallo-dependent phosphatase-like / metal ion binding / Tricyclic peptide MS-271 / Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces griseorubiginosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Hiroyuki, M.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of lasso peptide epimerase MslH reveals metal-dependent acid/base catalytic mechanism.
著者: Nakashima, Y. / Kawakami, A. / Ogasawara, Y. / Maeki, M. / Tokeshi, M. / Dairi, T. / Morita, H.

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8itg.cif.gz	225.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8itg.ent.gz	150 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8itg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8itg_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8itg_full_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示
XML形式データ	8itg_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	8itg_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8itg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8itg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gq9C 8gqaC 8gqbC 8ithC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

B: Tricyclic peptide MS-271

ヘテロ分子

51.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

B: Tricyclic peptide MS-271

ヘテロ分子

x 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
415 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_556	-x,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	x,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	7_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	8_556	-y,-x,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.232, 127.232, 170.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-828- HOH

#1: タンパク質	Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein) 分子量: 47319.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseorubiginosus (バクテリア) 遺伝子: EV578_104528 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V2TW40
#2: タンパク質・ペプチド	Tricyclic peptide MS-271 分子量: 4439.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseorubiginosus (バクテリア) 遺伝子: DWG14_02265 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A385ZG42
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl (pH 9.0), 34% (w/v) PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.035 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.035 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→45.18 Å / Num. obs: 40284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 42.42 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.821 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3264 / CC_1/2: 0.81 / R_pim(I) all: 0.466 / R_rim(I) all: 0.947 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→44.98 Å / SU ML: 0.1973 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.7165
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2068	1995	5.97 %
R_work	0.1822	31446	-
obs	0.1837	33441	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3352	0	8	214	3574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	3486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5422	4753
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0419	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	642
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.9891	1284

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.31	0.2415	144	0.2424	2201	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.31-2.37	0.2781	136	0.2372	2224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.44	0.2577	147	0.2369	2195	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.44-2.52	0.2704	140	0.2259	2216	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.52-2.61	0.2414	141	0.2164	2228	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.61-2.71	0.2253	136	0.2055	2222	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.71-2.83	0.2445	151	0.1926	2229	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.83-2.98	0.2088	139	0.1823	2225	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.98-3.17	0.2155	136	0.1827	2252	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.17-3.42	0.1857	142	0.1682	2242	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.42-3.76	0.1875	143	0.1575	2268	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.76-4.3	0.1811	143	0.1528	2258	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.3-5.42	0.169	144	0.1593	2291	X-RAY DIFFRACTION	99.75
5.42-44.98	0.2275	153	0.2058	2395	X-RAY DIFFRACTION	98.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.894398471074	-0.0806699925012	-0.135832471961	0.469689030766	-0.253496580609	0.845718322334	-0.000285087233557	0.0752454923888	-0.0482963158902	-0.0403901278104	-0.0662571081939	0.0559498823973	0.00779577563889	-0.0788584678328	-5.94475889018E-6	0.298528967473	-0.000273716062119	0.000301375962517	0.302582361753	0.00603418846284	0.295311813048	16.127004769	15.2197113129	63.8778713114
2	0.255962324419	-0.310242830522	-0.307353489778	0.468571167819	0.168242956263	0.545510155088	0.022693788976	-0.120834978614	-0.0636764030951	0.161383479975	-0.0243304724486	-0.14305079589	0.157834205882	0.237693590079	-8.84389710448E-6	0.314284771342	-0.0141792503973	-0.0125768499538	0.401329279513	0.0440166382496	0.319410690273	33.2040091319	19.49026753	77.5112389281
3	0.25151508448	0.177504790997	0.150742799474	1.59861112402	-1.43071778839	1.79127735493	-0.62843998308	0.0569887118695	-0.132115856936	-0.180179426116	-0.555748159354	-1.38509811658	0.298682341355	1.08258727084	-0.573407652501	0.879621851111	-0.0135671025406	0.186275465139	0.806680375184	0.0941879303161	0.799091286663	42.928799637	30.8976680812	97.4593311014
4	0.0188097484704	0.0263280070838	0.00151947516765	0.0611324909808	-0.0048295599153	0.0220756585264	0.265953089618	0.119838327528	-0.106995661162	0.387309497223	-0.0166173203717	-0.370639426284	0.308291007731	0.612196965199	0.00222188559069	0.440881450456	-0.154495085212	-0.00457032969553	0.656797814572	0.000665818613298	0.523879544436	44.7190915421	31.1343268693	80.2976359566
5	0.9551835347	0.609511068971	0.292889617059	0.428838802395	-0.448461798789	1.06769871793	0.00894582838226	-0.0925811206201	0.216462281234	-0.0115490048339	-0.081384496698	-0.0498196052497	-0.168012530817	0.0550733285017	2.46338695548E-6	0.295290526131	-0.0260024204138	0.0120335287164	0.308131155422	0.0350846415766	0.308986025026	26.4844716433	23.1004823207	63.0598785204
6	0.426714933687	0.459435106576	0.0476894608481	0.503075443894	-0.16622123147	0.451749972703	0.0295023323796	0.0672807502354	0.253281841273	-0.105283938426	0.0209408915432	0.0572956853276	-0.347700764711	-0.125512853963	-1.87867758961E-5	0.43381719518	-0.011349643386	0.0353068952462	0.442363262703	0.0653239299332	0.384096789742	25.0684147632	28.225407183	47.9208928821
7	0.0186467884689	0.0125912746421	-0.00694234260569	7.94497556007E-5	0.0040220789149	0.0107902506164	0.00428769398459	0.0107956173842	-0.00182943876835	-0.0081485786608	0.0351511367166	-0.297402900427	-0.143937443651	-0.0639943601828	1.45350941496E-5	1.45987017201	-0.40858253454	0.279066959997	1.37828767181	0.0458027402121	1.34097455138	26.970391948	31.015892828	73.5116332249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 122 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 123 through 187 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 188 through 211 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 212 through 233 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 234 through 386 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 387 through 439 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 12 through 21 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)