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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8is5 | ||||||
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タイトル | Structure of an Isocytosine specific deaminase Vcz with close state | ||||||
![]() | Hydroxydechloroatrazine ethylaminohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / isocytosine / deaminase / VCZ / 5-FU | ||||||
機能・相同性 | 8-oxoguanine deaminase activity / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase / Hydroxydechloroatrazine ethylaminohydrolase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, W.T. / Li, X.J. / Wu, B.X. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of an isocytosine-specific deaminase VCZ reveals its application potential in the anti-cancer therapy. 著者: Guo, W. / Li, X. / Fan, J. / Li, H. / Wen, Y. / Meng, C. / Chen, H. / Zhao, Z. / Zhang, Y. / Du, Y. / Wu, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 442.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 302.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ww2C ![]() 8is4C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.994020391669, -0.108734195086, -0.0100167742251), (-0.109141668904, 0.986493458874, 0.122142341991), (-0.00339956699023, 0.122505226081, -0.992462045887)ベクター: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.994020391669, -0.108734195086, -0.0100167742251), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49544.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: DSM2777_13610 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 53026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 33.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.976 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 7634 / CC1/2: 0.857 / Rpim(I) all: 0.275 / Rrim(I) all: 1.014 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.83 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.974234491845 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -2.1586790456 Å / Origin y: -15.7819950985 Å / Origin z: -28.1846790267 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |