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- PDB-8iqt: Crystal structure of the human vitamin D receptor ligand binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iqt
タイトルCrystal structure of the human vitamin D receptor ligand binding domain complexed with (23R)-F-25(OH)D3
要素Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to bile acid / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / positive regulation of keratinocyte differentiation ...: / response to bile acid / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / intestinal absorption / mammary gland branching involved in pregnancy / decidualization / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / lactation / skeletal system development / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / intracellular calcium ion homeostasis / nuclear receptor activity / cell morphogenesis / calcium ion transport / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Vitamin D3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.745 Å
データ登録者Kakuda, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the human vitamin D receptor ligand binding domain complexed with (23R)-F-25(OH)D3
著者: Kakuda, S.
履歴
登録2023年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8212
ポリマ－34,4021
非ポリマー4191
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.723, 51.363, 132.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 34401.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDR, NR1I1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11473
#2: 化合物 ChemComp-SV0 / (1~{S},3~{Z})-3-[(2~{E})-2-[(1~{R},3~{a}~{S},7~{a}~{R})-1-[(2~{R},4~{R})-4-fluoranyl-6-methyl-6-oxidanyl-heptan-2-yl]-7~{a}-methyl-2,3,3~{a},5,6,7-hexahydro-1~{H}-inden-4-ylidene]ethylidene]-4-methylidene-cyclohexan-1-ol


分子量: 418.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H43FO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M MES, 1.2-1.6M ammonium sulfate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.745→47.9 Å / Num. obs: 59041 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 1.37 % / CC1/2: 0.842 / Net I/σ(I): 13.67
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / Num. unique obs: 9081 / CC1/2: 0.788

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.745→47.872 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.208 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 2.274 / SU ML: 0.071 / Average fsc free: 0.9684 / Average fsc work: 0.9756 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 1559 4.962 %
Rwork0.1816 29857 -
all0.183 --
obs-31416 98.83 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.009 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.005 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.001 Å2-0 Å2
3---0.006 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.745→47.872 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2023 0 30 107 2160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0122094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.672837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5711.6014711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.295252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54810383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.7121091
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1790.21849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21087
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.21137
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1810.27
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1310.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.522.4291014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4172.4251013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.424.3491264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4244.351265
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0992.9011080
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0972.91081
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2545.0981573
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2525.0961574
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.13924.5812400
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.12924.4532386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.745-1.790.302880.29419490.29423280.9440.94287.50.265
1.79-1.8390.2761170.26320670.26322440.9510.95597.32620.221
1.839-1.8930.239950.22220510.22321610.960.96799.30590.182
1.893-1.9510.2381040.18920380.19221420.9590.9761000.156
1.951-2.0150.2281060.17819420.18120480.9680.9791000.155
2.015-2.0850.2281190.17718930.1820120.9710.9811000.156
2.085-2.1640.221090.17318240.17519330.9710.9821000.154
2.164-2.2520.196800.17917980.1818780.9760.9811000.158
2.252-2.3520.169950.16217080.16218030.980.9841000.147
2.352-2.4660.228980.17716070.1817050.9670.981000.164
2.466-2.60.194680.17715670.17816350.9760.9811000.165
2.6-2.7570.216760.17514760.17715520.9720.9811000.163
2.757-2.9460.202790.17913960.1814750.9730.9811000.173
2.946-3.1810.184610.1813080.1813690.980.9791000.178
3.181-3.4830.164590.17312100.17312700.9820.98299.92130.177
3.483-3.8920.181600.1711010.1711610.9810.9841000.178
3.892-4.4890.19460.1549940.15510400.980.9871000.17
4.489-5.4860.216390.1848370.1858760.9810.9841000.212
5.486-7.7080.288360.2356770.2377130.9550.9751000.255
7.708-47.8720.211240.1744140.1764380.9710.9761000.223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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