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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iqr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Anti-PEG antibody M9 Fv-clasp fragment with PEG (co-crystallization with PEG550DME) | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mori, T. / Teramoto, T. / Liu, Y. / Mori, T. / Kakuta, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Comparation of structures and binding properties between two anti-polyethylene glycol antibodies induced via T cell-independent and T cell-dependent pathway 著者: Liu, Y. / Mori, T. / Teramoto, T. / Kakuta, Y. / Mori, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1020.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8iqpC ![]() 8iqqC ![]() 8iqsC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 20273.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MSKIKGHHHHHHGG is derived from plasmid. / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 20927.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MSKIKGHHHHHHGG is derived from plasmid. / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | 分子量: 412.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C19H40O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium formate and 16% (v/v) PEG 550DME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→49.4 Å / Num. obs: 29444 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.18 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 10.36 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 4683 / CC1/2: 0.572 / Rrim(I) all: 1.062 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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