PDB-8iqm: Structural basis of the specificity and interaction mechanism of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iqm

タイトル

Structural basis of the specificity and interaction mechanism of Bmf binding to pro-survival proteins

要素

Bcl2 modifying factor
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

キーワード

APOPTOSIS / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / anoikis / myosin complex / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.967 Å

データ登録者

Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y.

資金援助

中国, 5件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81570537	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81974074	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82172654	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82273496	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900880	中国

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the specificity and interaction mechanism of Bmf binding to pro-survival Bcl-2 family proteins.
著者: Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y.

履歴

登録	2023年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iqm.cif.gz	83.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iqm.ent.gz	61.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iqm_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iqm_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	8iqm_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	8iqm_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iqm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iqkC 8iqlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

B: Bcl2 modifying factor

20.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.465, 56.294, 62.673
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT 分子量: 17922.344 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 171-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド	Bcl2 modifying factor 分子量: 2537.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0WYH6
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M potassium thiocyanate, 20% polyethylene glycol monomethyl ether 2,000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.967→31.34 Å / Num. obs: 21592 / % possible obs: 98.02 % / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.88 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 2.77
反射シェル	解像度: 1.967→2.037 Å / Num. unique obs: 1172 / CC_1/2: 0.851

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9-1692	精密化
autoPROC		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.967→31.337 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	2159	10.01 %
R_work	0.1961	-	-
obs	0.1999	21592	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.967→31.337 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1291	0	0	40	1331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1351
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.521	1827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.078	491
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.019	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.967-2.0125	0.3402	146	0.2916	1340	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0125-2.0628	0.2923	151	0.2919	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0628-2.1185	0.3077	145	0.3009	1268	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1185-2.1809	0.2653	147	0.2356	1360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1809-2.2512	0.2723	122	0.2414	1089	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2512-2.3317	0.2696	127	0.2186	1156	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3317-2.425	0.2767	149	0.2154	1319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.5353	0.271	143	0.2184	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5353-2.6689	0.2217	148	0.2217	1328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6689-2.836	0.2608	148	0.2065	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-3.0548	0.2823	147	0.2162	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0548-3.3619	0.2467	151	0.2048	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3619-3.8477	0.2066	146	0.1787	1317	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8477-4.8448	0.175	148	0.1516	1319	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8448-31.337	0.2221	144	0.1703	1323	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9041	1.5425	-1.2109	3.8153	0.4645	8.3185	-0.421	-0.1128	-0.6186	-0.0966	-0.0136	1.6819	-0.1454	-1.003	0.161	0.2353	-0.0008	0.0018	0.2879	-0.0016	0.4351	35.9227	0.9242	67.7981
2	4.8679	2.2045	-0.6979	3.7699	-0.6508	4.669	-0.0958	0.5262	-0.8546	-0.3475	-0.2136	1.1686	0.6223	-0.51	0.211	0.3872	-0.089	-0.0267	0.3111	-0.1542	0.5924	38.837	-6.752	60.9381
3	3.8768	-0.3173	-4.7141	2.5691	2.0829	8.6493	-0.5124	-1.5771	-0.6958	0.7286	0.7034	0.2437	0.7355	0.7243	-0.0834	0.484	0.3466	0.0819	0.806	0.0994	0.3819	54.2534	-8.1043	76.0915
4	3.6473	-1.7836	-3.8761	5.8894	1.326	4.0454	-0.1957	-1.8225	0.7068	0.7125	0.0349	0.4254	-1.2934	0.8065	-0.0584	0.3709	0.0083	0.0732	0.784	-0.0954	0.4088	50.9505	4.4974	76.5747
5	4.8408	-2.9575	-1.6681	5.278	0.244	7.3604	-0.1796	-0.6197	-0.137	0.2944	0.2115	0.1186	-0.069	0.7321	-0.0223	0.1951	0.0369	0.0106	0.2724	-0.0115	0.2279	49.207	-1.5984	67.952
6	7.5529	-1.529	-1.6076	3.817	-3.24	6.6136	-0.4851	-1.0625	-0.256	1.2689	0.6669	0.2681	-0.6124	-0.1072	-0.2675	0.4152	0.0829	0.0643	0.3554	0.0257	0.2391	41.6843	1.595	75.333
7	7.7291	-1.9139	-2.692	9.5653	-0.1648	5.9197	0.5427	1.09	0.4391	-1.0927	-0.2468	0.1865	-0.938	-0.4407	-0.2458	0.4184	0.0515	-0.0004	0.389	0.0755	0.2844	43.0282	6.3615	55.8882
8	6.8701	0.3179	1.1796	7.5718	1.3571	3.9506	-0.096	0.5129	0.3913	-0.3955	0.6151	0.1364	0.2486	2.062	-0.535	0.2582	0.0023	0.0207	0.6251	0.0434	0.291	58.2743	-1.8246	61.1028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 171 through 191 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 192 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 224 through 239 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 240 through 254 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 255 through 280 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 281 through 301 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 302 through 321 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 32 through 50 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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