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Yorodumi- PDB-8iql: Structural basis of the specificity and interaction mechanism of ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8iql | ||||||||||||||||||
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Title | Structural basis of the specificity and interaction mechanism of Bmf binding to pro-survival proteins | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | APOPTOSIS / Complex | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Activation of BMF and translocation to mitochondria / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / myosin complex / anoikis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to UV / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process ...Activation of BMF and translocation to mitochondria / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / myosin complex / anoikis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to UV / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9577 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y. | ||||||||||||||||||
Funding support | China, 5items
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Citation | Journal: Comput Struct Biotechnol J / Year: 2023 Title: Structural basis of the specificity and interaction mechanism of Bmf binding to pro-survival Bcl-2 family proteins. Authors: Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8iql.cif.gz | 144.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8iql.ent.gz | 114.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8iql.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8iql_validation.pdf.gz | 446.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8iql_full_validation.pdf.gz | 448.6 KB | Display | |
Data in XML | 8iql_validation.xml.gz | 12.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8iql_validation.cif.gz | 16 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iql | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8iqkC 8iqmC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19357.557 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Protein/peptide | Mass: 3003.440 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BMF / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q96LC9 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.2 Å3/Da / Density % sol: 70.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M potassium thiocyanate, polyethylene glycol monomethyl ether 2,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 30, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9577→32.7868 Å / Num. obs: 30365 / % possible obs: 99.88 % / Redundancy: 10.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.9577→3.063 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 1605 / CC1/2: 0.78 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9577→32.7868 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9577→32.7868 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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