PDB-8iqk: Structural basis of the specificity and interaction mechanism of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iqk

タイトル

Structural basis of the specificity and interaction mechanism of Bmf binding to pro-survival proteins

要素

Bcl-2-like protein 1
Bcl-2-modifying factor

キーワード

APOPTOSIS / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of BMF and translocation to mitochondria / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / anoikis / myosin complex / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to UV / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.879 Å

データ登録者

Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y.

資金援助

中国, 5件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81570537	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81974074	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82172654	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82273496	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900880	中国

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the specificity and interaction mechanism of Bmf binding to pro-survival Bcl-2 family proteins.
著者: Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y.

履歴

登録	2023年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iqk.cif.gz	270.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iqk.ent.gz	219.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8iqk_validation.pdf.gz	473 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iqk_full_validation.pdf.gz	475.2 KB	表示
XML形式データ	8iqk_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	8iqk_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iqk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8iqlC 8iqmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 1

B: Bcl-2-modifying factor

C: Bcl-2-like protein 1

D: Bcl-2-modifying factor

E: Bcl-2-like protein 1

F: Bcl-2-modifying factor

G: Bcl-2-like protein 1

H: Bcl-2-modifying factor

90.1 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Bcl-2-like protein 1

B: Bcl-2-modifying factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
22.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Bcl-2-like protein 1

D: Bcl-2-modifying factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Bcl-2-like protein 1

F: Bcl-2-modifying factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Bcl-2-like protein 1

H: Bcl-2-modifying factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.524, 61.668, 102.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.19, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 1 分子量: 19515.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	Bcl-2-modifying factor 分子量: 3003.440 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96LC9
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate: acetic acid, pH 4.5, 1.26 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.879→39.4252 Å / Num. obs: 27310 / % possible obs: 92.98 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 8.92
反射シェル	解像度: 2.879→2.982 Å / Num. unique obs: 2523 / CC_1/2: 0.655

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.879→39.4252 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	1977	7.24 %
R_work	0.2264	-	-
obs	0.2285	27310	92.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.879→39.4252 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5108	0	0	0	5108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5238
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.679	7104
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.882	1754
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	771
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	914

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.879-2.9509	0.4116	124	0.2988	1528	X-RAY DIFFRACTION	79
2.9509-3.0306	0.3482	149	0.2893	1941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0306-3.1198	0.3533	157	0.2595	1922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1198-3.2204	0.2647	152	0.2829	1962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2204-3.3355	0.2768	148	0.2678	1950	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3355-3.469	0.3182	148	0.2516	1907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.469-3.6267	0.2752	140	0.2428	1812	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6267-3.8178	0.2675	75	0.3052	987	X-RAY DIFFRACTION	51
3.8178-4.0568	0.2911	111	0.2186	1460	X-RAY DIFFRACTION	76
4.0568-4.3696	0.201	150	0.1927	1946	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3696-4.8087	0.2386	153	0.1884	1965	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8087-5.5029	0.2552	156	0.2001	1960	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5029-6.9269	0.2751	150	0.2479	1985	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9269-39.4252	0.186	164	0.1939	2008	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.893	0.6155	-0.3732	0.6049	-0.534	0.5605	0.0319	-0.3665	-0.0536	0.1422	0.0344	0.0323	0.194	-0.0871	-0	0.4478	0.0554	-0.0309	0.3901	0.04	0.4011	6.7295	12.9221	22.8495
2	0.1466	0.0883	0.0985	0	0.0606	0.0608	-0.2735	0.2048	0.516	-0.0213	0.102	0.279	-2.0212	-0.0033	0.0009	0.793	-0.0172	0.0366	0.691	-0.0845	0.7134	10.6206	29.0123	15.4111
3	0.6608	-0.5125	-1.0855	1.4469	-0.2196	2.1387	0.1317	0.0834	-0.1065	-0.084	-0.0025	-0.0879	0.1386	0.6546	-0	0.336	0.0581	-0.0457	0.3098	0.0184	0.2967	15.5348	18.7048	16.7629
4	1.6997	0.0889	-1.8017	0.2962	-0.0151	3.9779	0.7458	-0.8098	-0.5912	0.9213	0.0982	-0.6581	-0.9683	1.7588	0.2112	0.9304	0.1507	-0.1852	0.8804	0.2307	0.6339	20.6378	8.7746	30.4089
5	0.454	-0.2067	-0.2494	0.3789	-0.313	2.6902	-0.7864	-0.8119	0.2039	0.6138	-0.5271	-0.9618	-1.3446	0.1538	-0.6391	0.4542	-0.0918	-0.0377	0.831	-0.0801	0.5003	19.1855	27.5775	26.0209
6	0.6349	-0.4909	0.3382	0.3639	0.0139	1.2453	-0.0266	0.0712	-0.146	0.0644	0.1014	0.0691	-0.0912	0.3026	-0.0002	0.4692	0.0511	0.0595	0.4009	-0.0416	0.4515	23.0033	12.971	-6.7469
7	0.0364	0.0052	-0.0278	-0.0039	-0.0376	0.0259	0.5271	-0.5668	0.8517	0.3639	-0.1103	0.3898	-0.4573	-0.3029	0.0016	0.6832	-0.0553	0.0017	0.4643	0.0264	0.7537	17.9862	29.8825	-9.954
8	1.9585	0.2939	0.6149	1.7432	0.2054	0.2522	-0.0537	0.7135	-0.0916	-0.0873	0.1546	0.1445	0.1888	-0.0793	0.0002	0.3529	0.0185	-0.0002	0.3769	-0.0311	0.3853	16.505	18.8648	-15.8561
9	4.5919	0.2308	2.5593	0.8435	-0.4857	1.9315	-0.4249	1.2611	1.1912	-0.2737	-0.0598	-0.8498	0.8608	1.2454	-0.211	0.6164	0.2432	0.1511	0.7809	-0.2009	0.936	31.3109	8.378	-20.1326
10	0.1218	-0.1245	0.1506	0.6466	0.103	0.3636	0.6219	0.6623	1.3273	-0.4351	-0.0699	-1.0472	-0.4355	0.3343	0.015	0.5938	-0.0184	0.0785	0.7465	0.1165	0.5559	22.0728	29.948	-20.1848
11	3.0282	0.0402	-0.992	0.2259	0.0385	2.1979	0.7697	0.4257	0.5969	-0.8873	-0.1553	-1.2493	-0.5696	0.7024	0.2109	0.7098	0.0742	-0.0041	1.2939	0.1435	0.7282	36.1838	21.8707	-17.1102
12	0.896	-0.3405	0.0479	0.0798	-0.1696	1.1963	-0.0123	-0.1116	0.3299	0.062	-0.0702	-0.0887	0.0855	-0.5982	-0.01	0.3741	0.0378	-0.041	0.3227	0.033	0.3812	28.1528	49.1254	44.4408
13	0.0303	0.0551	0.0556	0.0299	0.0995	0.1252	0.3047	-0.4954	-1.6336	0.4411	-0.0907	-0.2787	0.4372	0.304	0.0001	0.7009	-0.1287	0.1071	0.5061	0.0309	0.6763	35.6926	33.1355	40.5923
14	1.8327	-0.1505	-0.9676	1.4112	-0.2358	0.5261	-0.0985	0.5472	0.1721	-0.0477	0.0974	-0.0603	-0.1902	-0.034	0.0002	0.2609	-0.0106	-0.0356	0.2891	0.0927	0.3268	34.3509	43.4284	35.6686
15	1.7645	0.7117	0.1066	0.5067	0.2705	0.354	-0.415	0.8868	-0.825	-1.037	0.032	1.6172	-0.3634	-0.6074	0.0349	0.8245	0.1371	-0.2072	0.8151	0.1845	1.0147	20.7719	53.4471	30.6127
16	0.0916	-0.0904	-0.1915	0.2812	0.1428	0.4094	0.4484	0.9377	-0.9728	-0.4828	-0.2533	0.7677	0.424	-0.4388	0.0413	0.5757	-0.1176	-0.0517	0.7154	-0.1212	0.5198	29.267	32.1581	30.9034
17	0.1136	0.0226	-0.9192	3.2992	-1.8969	8.5399	0.9933	0.3517	0.0384	-0.4065	0.1154	0.4085	0.5744	-0.7021	1.849	0.5835	0.1736	0.0942	2.1252	0.1844	0.4636	15.0009	40.2388	34.0161
18	1.5109	0.0345	-0.1519	0.8665	-0.5526	0.3313	0.0213	0.447	0.1201	0.2849	0.1666	0.075	-0.0831	0.0373	0.0004	0.4696	-0.0464	0.0418	0.4126	0.0539	0.5054	57.9404	49.2337	28.3266
19	0.005	0.0056	-0.0756	-0.0323	-0.0151	0.1667	-0.4355	-0.4345	-1.1536	0.2572	-0.7688	0.9686	1.1044	-0.3828	-0.0083	0.8316	-0.0843	-0.0402	0.4987	-0.0416	0.6978	61.0866	32.1903	33.2557
20	0.4857	0.2632	0.9696	1.4481	-0.1521	1.8727	0.0305	-0.1284	0.0534	0.1554	0.114	-0.0439	-0.1864	0.6146	0	0.3271	-0.0533	0.0125	0.3666	0.013	0.3055	66.7164	43.2028	34.933
21	0.7282	-0.4297	0.5745	0.3746	-0.0889	1.6011	0.4542	0.5885	0.7977	-1.3621	0.0446	-0.3714	1.3226	0.996	0.0584	0.8765	-0.1421	0.154	0.805	0.1718	0.68	71.7774	53.3282	20.7327
22	0.3538	-0.0463	-0.04	0.2913	0.0764	0.023	-0.3018	0.3164	-0.4051	-0.7793	-0.1296	-0.169	1.0777	0.8183	0.0016	0.587	0.0913	0.0506	0.6951	-0.0937	0.6162	71.1599	32.2588	29.0159
23	4.3876	1.213	-1.3527	2.1149	-0.6598	0.469	-0.6726	0.911	-1.0853	-0.8074	-0.5303	-0.4219	0.2837	0.0706	-0.2997	0.3672	0.0113	-0.2299	1.8213	0.0791	0.6041	68.3729	40.2432	15.0868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 104 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 105 through 118 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 119 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 177 through 196 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 127 through 147 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 1 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 105 through 115 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 116 through 177 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 178 through 196 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 127 through 141 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 142 through 147 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 1 through 104 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 105 through 118 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 119 through 176 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 177 through 196 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 127 through 141 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 142 through 147 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'G' and (resid 1 through 104 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'G' and (resid 105 through 115 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resid 116 through 176 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resid 177 through 196 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 127 through 141 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid 142 through 147 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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