PDB-8ip2: Escherichia coli OpgG mutant-D361N with beta-1,2-glucan

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ip2

タイトル

Escherichia coli OpgG mutant-D361N with beta-1,2-glucan

要素

Glucans biosynthesis protein G

キーワード

HYDROLASE / Beta-1 / 2-glucanase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucan biosynthetic process / catalytic activity / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Motouchi, S. / Nakajima, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Identification of enzymatic functions of osmo-regulated periplasmic glucan biosynthesis proteins from Escherichia coli reveals a novel glycoside hydrolase family.
著者: Motouchi, S. / Kobayashi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M.

履歴

登録	2023年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ip2.cif.gz	200.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ip2.ent.gz	155.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ip2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ip2_validation.pdf.gz	727 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ip2_full_validation.pdf.gz	729.4 KB	表示
XML形式データ	8ip2_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	8ip2_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ip2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ip2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ioxC 8ip1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucans biosynthesis protein G

ヘテロ分子

61.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucans biosynthesis protein G

ヘテロ分子

A: Glucans biosynthesis protein G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.821, 80.970, 213.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-625- HOH
2	1	A-719- HOH

#1: タンパク質

Glucans biosynthesis protein G

分子量: 59052.453 Da / 分子数: 1 / 変異: D361N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: opgG / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33136

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2612.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,16,15/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1/a2-b1_b2-c1_c2-d1_d2-e1_e2-f1_f2-g1_g2-h1_h2-i1_i2-j1_j2-k1_k2-l1_l2-m1_m2-n1_n2-o1_o2-p1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}}}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MMT (pH 5.0), PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→48.34 Å / Num. obs: 50021 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.81→1.85 Å / Num. unique obs: 2971 / CC_1/2: 0.891

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.81→48.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	2535	5.074 %
R_work	0.2134	47424	-
all	0.215	-	-
obs	-	49959	99.876 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.948 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.123 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.075 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.198 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→48.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3819	0	177	122	4118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	4111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.015	3825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.719	1.723	5605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.379	1.646	8806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.457	5	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.452	22.477	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.08	15	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.251	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.23	0.2	3618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.115	0.2	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	187
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.28	4.352	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.294	4.35	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.491	6.511	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.498	6.514	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.286	4.519	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.286	4.52	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.482	6.653	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.482	6.654	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	0.721	48.541	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	0.723	64.639	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	13.057	3	7862

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.857	0.35	196	0.369	3435	X-RAY DIFFRACTION	99.9449
1.857-1.908	0.389	155	0.344	3450	X-RAY DIFFRACTION	99.9723
1.908-1.963	0.358	181	0.312	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
1.963-2.023	0.3	167	0.296	3175	X-RAY DIFFRACTION	99.7612
2.023-2.09	0.295	181	0.276	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.9079
2.09-2.163	0.316	171	0.252	2973	X-RAY DIFFRACTION	99.8729
2.163-2.244	0.325	155	0.247	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.9027
2.244-2.336	0.329	149	0.243	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.9321
2.336-2.439	0.269	124	0.211	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.8942
2.439-2.558	0.27	118	0.221	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.558-2.696	0.236	136	0.216	2460	X-RAY DIFFRACTION	99.923
2.696-2.859	0.256	109	0.208	2327	X-RAY DIFFRACTION	99.918
2.859-3.055	0.264	114	0.223	2172	X-RAY DIFFRACTION	99.9126
3.055-3.299	0.281	113	0.217	2030	X-RAY DIFFRACTION	99.8602
3.299-3.612	0.216	98	0.202	1883	X-RAY DIFFRACTION	99.6479
3.612-4.036	0.227	115	0.179	1695	X-RAY DIFFRACTION	99.6696
4.036-4.655	0.206	66	0.152	1555	X-RAY DIFFRACTION	99.6312
4.655-5.688	0.204	65	0.166	1312	X-RAY DIFFRACTION	99.855
5.688-7.989	0.226	76	0.186	998	X-RAY DIFFRACTION	100
7.989-48.34	0.209	46	0.19	610	X-RAY DIFFRACTION	99.5448

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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