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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ip1 | ||||||
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タイトル | Escherichia coli OpgD mutant-D388N with beta-1,2-glucan | ||||||
要素 | Glucans biosynthesis protein D | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Beta-1 / 2-glucanase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-glucan biosynthetic process / glucan biosynthetic process / catalytic activity / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | ||||||
データ登録者 | Motouchi, S. / Nakajima, M. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Novel glycoside hydrolase family enzymes from Escherichia coli associating with osmo-regulated periplasmic glucan synthesis 著者: Motouchi, S. / Nakajima, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ip1.cif.gz | 232.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ip1.ent.gz | 183.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ip1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ip1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ip1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ioxC 8ip2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 63899.949 Da / 分子数: 2 / 変異: D388N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: opgD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40120 |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1801.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#3: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 2125.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
-非ポリマー , 3種, 569分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MMT (pH 4.0), PEG1500, Beta-1,2-glucan |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→47.74 Å / Num. obs: 66585 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.11 Å / Num. unique obs: 4130 / CC1/2: 0.697 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→47.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.155 / Average fsc free: 0.9129 / Average fsc work: 0.9237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.177 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.845 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→47.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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