PDB-8iox: Escherichia coli OpgD mutant-D388N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iox

タイトル

Escherichia coli OpgD mutant-D388N

要素

Glucans biosynthesis protein D

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Beta-1 / 2-glucanase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucan biosynthetic process / glucan biosynthetic process /

catalytic activity / outer membrane-bounded periplasmic space /

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Motouchi, S. / Nakajima, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel glycoside hydrolase family enzymes from Escherichia coli associating with osmo-regulated periplasmic glucan synthesis
著者: Motouchi, S. / Nakajima, M.

履歴

登録	2023年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iox.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iox.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/8iox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/8iox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ip1C 8ip2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (2)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucans biosynthesis protein D

B: Glucans biosynthesis protein D

C: Glucans biosynthesis protein D

D: Glucans biosynthesis protein D

E: Glucans biosynthesis protein D

F: Glucans biosynthesis protein D

G: Glucans biosynthesis protein D

H: Glucans biosynthesis protein D

I: Glucans biosynthesis protein D

J: Glucans biosynthesis protein D

K: Glucans biosynthesis protein D

L: Glucans biosynthesis protein D

ヘテロ分子

770 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucans biosynthesis protein D

B: Glucans biosynthesis protein D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glucans biosynthesis protein D

D: Glucans biosynthesis protein D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glucans biosynthesis protein D

F: Glucans biosynthesis protein D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Glucans biosynthesis protein D

H: Glucans biosynthesis protein D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Glucans biosynthesis protein D

J: Glucans biosynthesis protein D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Glucans biosynthesis protein D

L: Glucans biosynthesis protein D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	226.750, 392.760, 324.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

#1: タンパク質

Glucans biosynthesis protein D

分子量: 63899.949 Da / 分子数: 12 / 変異: D388N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: opgD / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40120

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG2000MME, TMAO, tris-HCl (pH 8.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→49.143 Å / Num. obs: 301232 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.208 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.95→3 Å / Num. unique obs: 14824 / CC_1/2: 0.869

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→49.143 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.471 / ESU R Free: 0.296 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2322	14722	4.887 %
R_work	0.1937	286509	-
all	0.196	-	-
obs	-	301231	99.939 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.688 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.584 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.932 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.516 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→49.143 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	50952	0	230	666	51848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	52752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.015	47372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.602	1.656	71630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.332	1.586	109084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.239	5	6276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.722	21.533	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.449	15	8340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.014	15	408
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	6628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	60252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	13332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	8696
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.232	0.2	45962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	24574
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	25218
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.11	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.266	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.733	3.531	25140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.733	3.53	25139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.336	5.295	31404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.337	5.295	31405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.149	3.805	27612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.149	3.805	27613
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.028	5.584	40226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.028	5.584	40227
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.181	39.106	55629
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.182	39.106	55612

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.027	0.351	1075	0.288	21076	X-RAY DIFFRACTION	100
3.027-3.11	0.304	1142	0.265	20478	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.2	0.268	996	0.239	19971	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.298	0.265	979	0.228	19448	X-RAY DIFFRACTION	99.9951
3.298-3.406	0.291	961	0.227	18767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.406-3.526	0.247	846	0.213	18326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.526-3.659	0.248	870	0.209	17686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.659-3.808	0.252	918	0.201	16877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.808-3.978	0.221	826	0.186	16252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.978-4.172	0.201	816	0.164	15516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.172-4.397	0.184	733	0.15	14868	X-RAY DIFFRACTION	100
4.397-4.664	0.174	746	0.144	13972	X-RAY DIFFRACTION	100
4.664-4.986	0.176	617	0.138	13240	X-RAY DIFFRACTION	100
4.986-5.385	0.193	615	0.15	12346	X-RAY DIFFRACTION	100
5.385-5.899	0.218	605	0.182	11288	X-RAY DIFFRACTION	100
5.899-6.595	0.242	558	0.189	10268	X-RAY DIFFRACTION	100
6.595-7.615	0.212	539	0.193	9052	X-RAY DIFFRACTION	100
7.615-9.325	0.223	391	0.19	7734	X-RAY DIFFRACTION	100
9.325-13.182	0.206	325	0.179	6052	X-RAY DIFFRACTION	100
13.182-49.09	0.271	164	0.277	3292	X-RAY DIFFRACTION	94.9973

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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