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- PDB-8inf: human nuclear pre-60S ribosomal particle - State F' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8inf
タイトルhuman nuclear pre-60S ribosomal particle - State F'
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 41
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 2
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • G Protein Nucleolar 2
  • GTP-binding protein 4
  • Internal Transcribed Spacer 2
  • Leydig cell tumor 10 kDa protein homolog
  • MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein
  • Pescadillo homolog
  • Probable ribosome biogenesis protein RLP24
  • Protein LLP homolog
  • Protein SDA1 homolog
  • Ribosomal L1 domain-containing protein 1
  • Translation machinery-associated protein 16
  • Uncharacterized protein C11orf98
  • Zinc finger protein 593
  • mRNA turnover protein 4 homolog
キーワードRIBOSOME / GNL2 / nuclear / pre-60S
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to nucleoplasm / negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of RIG-I signaling pathway / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / dendrite extension / preribosome binding / regulation of cellular senescence / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process ...protein localization to nucleoplasm / negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of RIG-I signaling pathway / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / dendrite extension / preribosome binding / regulation of cellular senescence / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of megakaryocyte differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / PeBoW complex / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / translation at presynapse / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / regulation of translation involved in cellular response to UV / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / regulation of G1 to G0 transition / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / ribosomal protein import into nucleus / blastocyst formation / protein-DNA complex disassembly / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / 90S preribosome assembly / protein localization to nucleolus / GAIT complex / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TORC2 complex binding / alpha-beta T cell differentiation / G1 to G0 transition / regulation of glycolytic process / middle ear morphogenesis / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of cell-cell adhesion / regulation of aerobic respiration / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / maturation of 5.8S rRNA / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / homeostatic process / negative regulation of DNA replication / rRNA metabolic process / positive regulation of dendritic spine development / macrophage chemotaxis / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / lung morphogenesis / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / ribosomal large subunit binding / regulation of protein phosphorylation / positive regulation of natural killer cell proliferation / Protein hydroxylation / preribosome, large subunit precursor / Peptide chain elongation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / rRNA transcription / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / cellular response to actinomycin D / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / blastocyst development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / ribosomal large subunit export from nucleus / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / protein localization to nucleus / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of protein binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ribonucleoprotein complex binding / protein targeting / negative regulation of protein-containing complex assembly / ribosomal subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / maturation of LSU-rRNA / rough endoplasmic reticulum / MDM2/MDM4 family protein binding / translation initiation factor activity / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / embryo implantation / cytosolic ribosome / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to interleukin-4 / ossification / negative regulation of cell migration / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of translation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis
類似検索 - 分子機能
Uncharacterized protein C11orf98 / Family of unknown function (DUF5564) / Uncharacterised protein family UPF0390 / Protein of unknown function (DUF2462) / Translation machinery-associated protein 16 / Tma16 superfamily / Translation machinery-associated protein 16 / SDA1 domain / Uncharacterised domain NUC130/133, N-terminal / Sda1 ...Uncharacterized protein C11orf98 / Family of unknown function (DUF5564) / Uncharacterised protein family UPF0390 / Protein of unknown function (DUF2462) / Translation machinery-associated protein 16 / Tma16 superfamily / Translation machinery-associated protein 16 / SDA1 domain / Uncharacterised domain NUC130/133, N-terminal / Sda1 / : / SDA1, conserved domain / SDA1, HEAT repeat / SDA1, C-terminal / MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein, FHA Ki67 binding / FHA Ki67 binding domain of hNIFK / Ribosome biogenesis protein Nop53/GLTSCR2 / Nop53 (60S ribosomal biogenesis) / Learning associated protein 18-like / LLP homolog / : / Nucleolar GTP-binding protein 2, N-terminal domain / Nucleolar GTP-binding protein 2 / NGP1NT (NUC091) domain / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / : / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / Ribosomal biogenesis NSA2 family / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / : / Ribosome assembly factor Mrt4 / : / BRCT domain / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / GTP binding domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / breast cancer carboxy-terminal domain / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L19, eukaryotic / : / BRCT domain profile. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / BRCT domain / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein C11orf98 / Zinc finger protein 593 ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein C11orf98 / Zinc finger protein 593 / Pescadillo homolog / Ribosomal L1 domain-containing protein 1 / Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Nucleolar GTP-binding protein 2 / Ribosomal protein uL30-like / Translation machinery-associated protein 16 / Protein LLP homolog / MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein / GTP-binding protein 4 / Protein SDA1 homolog / Ribosome biogenesis protein NOP53 / Probable ribosome biogenesis protein RLP24 / mRNA turnover protein 4 homolog / Leydig cell tumor 10 kDa protein homolog / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhang, Y. / Gao, N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32230051;31922036 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Visualizing the nucleoplasmic maturation of human pre-60S ribosomal particles.
著者: Yunyang Zhang / Xiaomeng Liang / Sha Luo / Yan Chen / Yu Li / Chengying Ma / Ningning Li / Ning Gao /
要旨: Eukaryotic ribosome assembly is a highly orchestrated process that involves over two hundred protein factors. After early assembly events on nascent rRNA in the nucleolus, pre-60S particles undergo ...Eukaryotic ribosome assembly is a highly orchestrated process that involves over two hundred protein factors. After early assembly events on nascent rRNA in the nucleolus, pre-60S particles undergo continuous maturation steps in the nucleoplasm, and prepare for nuclear export. Here, we report eleven cryo-EM structures of the nuclear pre-60S particles isolated from human cells through epitope-tagged GNL2, at resolutions of 2.8-4.3 Å. These high-resolution snapshots provide fine details for several major structural remodeling events at a virtual temporal resolution. Two new human nuclear factors, L10K and C11orf98, were also identified. Comparative structural analyses reveal that many assembly factors act as successive place holders to control the timing of factor association/dissociation events. They display multi-phasic binding properties for different domains and generate complex binding inter-dependencies as a means to guide the rRNA maturation process towards its mature conformation. Overall, our data reveal that nuclear assembly of human pre-60S particles is generally hierarchical with short branch pathways, and a few factors display specific roles as rRNA chaperones by confining rRNA helices locally to facilitate their folding, such as the C-terminal domain of SDAD1.
履歴
登録2023年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年8月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年9月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details ...em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
u: Ribosomal L1 domain-containing protein 1
f: Protein SDA1 homolog
q: 60S ribosomal protein L10a
t: MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein
3: 60S ribosomal protein L7-like 1
2: 28S rRNA
4: GTP-binding protein 4
5: 5S rRNA
6: Eukaryotic translation initiation factor 6
7: Probable ribosome biogenesis protein RLP24
9: Zinc finger protein 593
B: 60S ribosomal protein L3
C: 60S ribosomal protein L29
D: 60S ribosomal protein L4
E: 60S ribosomal protein L30
F: 60S ribosomal protein L34
G: 60S ribosomal protein L7a
H: 60S ribosomal protein L35
I: 60S ribosomal protein L9
K: 60S ribosomal protein L36
L: 60S ribosomal protein L27a
M: 60S ribosomal protein L37
N: 60S ribosomal protein L11
O: 60S ribosomal protein L38
P: 60S ribosomal protein L39
Q: 60S ribosomal protein L13
S: 60S ribosomal protein L14
U: 60S ribosomal protein L15
V: 60S ribosomal protein L13a
W: 60S ribosomal protein L36a
X: 60S ribosomal protein L37a
Y: 60S ribosomal protein L17
Z: 60S ribosomal protein L18
a: 60S ribosomal protein L19
b: 60S ribosomal protein L18a
c: 60S ribosomal protein L21
d: 60S ribosomal protein L22
e: 60S ribosomal protein L23
g: 60S ribosomal protein L23a
h: 60S ribosomal protein L26
i: 60S ribosomal protein L27
j: 60S ribosomal protein L31
k: 60S ribosomal protein L32
l: 60S ribosomal protein L28
m: 60S ribosomal protein L8
n: 60S ribosomal protein L35a
o: 60S ribosomal protein L6
p: 60S ribosomal protein L7
r: 60S ribosomal protein L5
z: Protein LLP homolog
A: G Protein Nucleolar 2
R: Translation machinery-associated protein 16
J: mRNA turnover protein 4 homolog
T: Leydig cell tumor 10 kDa protein homolog
y: 60S ribosomal protein L12
v: Pescadillo homolog
8: 5.8S rRNA
1: Uncharacterized protein C11orf98
s: Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog
w: Ribosome biogenesis protein NOP53
x: Internal Transcribed Spacer 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,223,07264
ポリマ－3,222,56561
非ポリマー5073
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 14種, 14分子 uft4679zARJTv1

#1: タンパク質 Ribosomal L1 domain-containing protein 1 / CATX-11 / Cellular senescence-inhibited gene protein / Protein PBK1


分子量: 55089.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O76021
#2: タンパク質 Protein SDA1 homolog / Nucleolar protein 130 / SDA1 domain-containing protein 1 / hSDA


分子量: 80005.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVU7
#4: タンパク質 MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein / Nucleolar phosphoprotein Nopp34 / Nucleolar protein interacting with the FHA domain of pKI-67 / hNIFK


分子量: 34285.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYG3
#7: タンパク質 GTP-binding protein 4 / Chronic renal failure gene protein / GTP-binding protein NGB


分子量: 74107.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZE4
#9: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6 / B(2)GCN homolog / B4 integrin interactor / CAB / p27(BBP)


分子量: 26620.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56537
#10: タンパク質 Probable ribosome biogenesis protein RLP24 / Ribosomal L24 domain-containing protein 1 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 19666.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHA3
#11: タンパク質 Zinc finger protein 593 / Zinc finger protein T86


分子量: 15230.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00488
#50: タンパク質 Protein LLP homolog / Protein LAPS18-like


分子量: 15268.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRT6
#51: タンパク質 G Protein Nucleolar 2 / Autoantigen NGP-1


分子量: 83796.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13823
#52: タンパク質 Translation machinery-associated protein 16


分子量: 23912.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY4
#53: タンパク質 mRNA turnover protein 4 homolog / Ribosome assembly factor MRTO4


分子量: 27602.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UKD2
#54: タンパク質 Leydig cell tumor 10 kDa protein homolog


分子量: 10605.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNZ5
#56: タンパク質 Pescadillo homolog


分子量: 68114.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00541
#58: タンパク質 Uncharacterized protein C11orf98


分子量: 14272.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E9PRG8

+
60S ribosomal protein ... , 41種, 41分子 q3BCDEFGHIKLMNOPQSUVWXYZabcdeg...

#3: タンパク質 60S ribosomal protein L10a / Large ribosomal subunit protein uL1


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62906
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L7-like 1 / Large ribosomal subunit protein uL30-like 1


分子量: 29730.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6DKI1
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39023
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL29


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47914
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36578
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62888
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49207
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62424
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32969
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46776
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / Large ribosomal subunit protein eL37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61927
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62913
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein eL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62891
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26373
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P50914
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61313
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40429
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83881
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61513
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07020
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84098
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02543
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46778
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35268
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62829
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61254
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61353
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62899
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62910
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62917
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18077
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL6


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02878
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18124
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46777
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L12 / Large ribosomal subunit protein uL11


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30050

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RNA鎖 , 4種, 4分子 258x

#6: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1636639.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBI Reference Sequence: NR_146154.1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#8: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: NR_023363
#57: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50157.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: KY962518
#61: RNA鎖 Internal Transcribed Spacer 2


分子量: 23486.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence ID: X17626.1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 2分子 sw

#59: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog / Hairy cell leukemia protein 1 / TGF-beta-inducible nuclear protein 1


分子量: 30136.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95478
#60: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NOP53 / Glioma tumor suppressor candidate region gene 2 protein / Protein interacting with carboxyl ...Glioma tumor suppressor candidate region gene 2 protein / Protein interacting with carboxyl terminus 1 / PICT-1 / p60


分子量: 54498.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZM5

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非ポリマー , 3種, 3分子

#62: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#63: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#64: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: cryo-EM structure of human nuclear pre-60S ribosomal particle - State F'
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#4, #61, #5-#60 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 1.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45905 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01181398
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.254263650
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.16758770
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06332216
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01118690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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