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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8in4 | ||||||||||||
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タイトル | Eisenia hydrolysis-enhancing protein from Aplysia kurodai | ||||||||||||
要素 | 25 kDa polyphenol-binding protein | ||||||||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / EHEP | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Aplysia kurodai (アメフラシ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sun, X.M. / Ye, Y.X. / Kato, K. / Yu, J. / Yao, M. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Structural basis of EHEP-mediated offense against phlorotannin-induced defense from brown algae to protect aku BGL activity. 著者: Sun, X. / Ye, Y. / Sakurai, N. / Wang, H. / Kato, K. / Yu, J. / Yuasa, K. / Tsuji, A. / Yao, M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8in4.cif.gz | 73.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8in4.ent.gz | 41.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8in4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8in4_validation.pdf.gz | 423.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8in4_full_validation.pdf.gz | 423.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8in4_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8in4_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/8in4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/8in4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8in1C 8in3C 8in6C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24669.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aplysia kurodai (アメフラシ) / 参照: UniProt: A0A1B4XTR1 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0 M sodium acetate, 0.1 M imidazole (pH 6.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→47.02 Å / Num. obs: 35930 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 14.34 % / Biso Wilson estimate: 12.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 3486 / CC1/2: 0.737 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→47.02 Å / SU ML: 0.1188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.6428 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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