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- PDB-8in1: beta-glucosidase protein from Aplysia kurodai -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8in1
タイトルbeta-glucosidase protein from Aplysia kurodai
要素Beta-Glucosidase
キーワードHYDROLASE / glucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aplysia kurodai (アメフラシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sun, X.M. / Ye, Y.X. / Kato, K. / Yu, J. / Yao, M.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H01754 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101071 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101083 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural basis of EHEP-mediated offense against phlorotannin-induced defense from brown algae to protect aku BGL activity.
著者: Sun, X. / Ye, Y. / Sakurai, N. / Wang, H. / Kato, K. / Yu, J. / Yuasa, K. / Tsuji, A. / Yao, M.
履歴
登録2023年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-Glucosidase
B: Beta-Glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,7698
ポリマ－225,1202
非ポリマー3,6496
水1,72996
1
A: Beta-Glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5394
ポリマ－112,5601
非ポリマー1,9793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-Glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2314
ポリマ－112,5601
非ポリマー1,6713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)191.669, 191.669, 112.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z

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要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 98分子 AB

#1: タンパク質 Beta-Glucosidase


分子量: 112560.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aplysia kurodai (アメフラシ) / 参照: UniProt: A0A1V1FXL2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 5種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.65 Å / Num. obs: 64457 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 42.39 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.69
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Num. unique obs: 6309 / CC1/2: 0.842

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→49.65 Å / SU ML: 0.3747 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7301
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 3260 5.06 %
Rwork0.1831 61181 -
obs0.1849 64441 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15256 0 243 96 15595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004215939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65221667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04962308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.75755759
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.740.31651310.26062610X-RAY DIFFRACTION97.86
2.74-2.780.33911410.25892620X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.830.31911470.25822644X-RAY DIFFRACTION99.93
2.83-2.880.31511420.23962640X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.930.34011370.24822654X-RAY DIFFRACTION99.93
2.93-2.990.34051480.23772657X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.050.2941310.23012671X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.120.29261470.2352636X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.190.29771320.24312663X-RAY DIFFRACTION99.96
3.19-3.270.32441280.24832662X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.360.28961600.22592637X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.450.22841320.20722652X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.570.27411510.19462667X-RAY DIFFRACTION99.96
3.57-3.690.20991400.18662660X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.840.20311220.17372689X-RAY DIFFRACTION99.96
3.84-4.020.19761600.16262628X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.230.17331220.14722684X-RAY DIFFRACTION100
4.23-4.490.18041470.1392666X-RAY DIFFRACTION100
4.49-4.840.17331410.13332677X-RAY DIFFRACTION100
4.84-5.320.14921380.13722680X-RAY DIFFRACTION100
5.33-6.090.17961470.15552659X-RAY DIFFRACTION100
6.09-7.670.19691500.16412707X-RAY DIFFRACTION100
7.67-49.650.13381660.14852718X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 49.8074712124 Å / Origin y: 42.3099619723 Å / Origin z: 132.950302095 Å
111213212223313233
T0.291989847968 Å2-0.0155229129587 Å20.00949294577397 Å2-0.312889083708 Å20.0360660280598 Å2--0.271260798643 Å2
L0.353963475375 °2-0.0163776486598 °20.00931119813922 °2-0.359643628666 °20.0214583146943 °2--0.20296532236 °2
S0.00501649957162 Å °0.0548377163233 Å °0.0488374532895 Å °0.00159030945178 Å °-0.0256169239657 Å °-0.0507978188239 Å °-0.00556313144534 Å °0.0156500992069 Å °0.0261136790523 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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