PDB-8imu: Dihydroxyacid dehydratase (DHAD) mutant-V497F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8imu

タイトル

Dihydroxyacid dehydratase (DHAD) mutant-V497F

要素

Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic

キーワード

LYASE / [2Fe-2S] cluster / aspterric acid / BCAA biosynthetic pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroxy-acid dehydratase / dihydroxy-acid dehydratase activity / embryo sac development / pollen development / root development / branched-chain amino acid biosynthetic process / hydro-lyase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / plastid ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Zhou, J. / Zang, X. / Tang, Y. / Yan, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biodes Res / 年: 2024
タイトル: Structural bases of dihydroxy acid dehydratase inhibition and biodesign for self-resistance
著者: Zang, X. / Bat-Erdene, U. / Huang, W. / Wu, Z. / Jacobsen, S.E. / Tang, Y. / Zhou, J.

履歴

登録	2023年3月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8imu.cif.gz	510.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8imu.ent.gz	347.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8imu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8imu_validation.pdf.gz	510.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8imu_full_validation.pdf.gz	520.1 KB	表示
XML形式データ	8imu_validation.xml.gz	43.4 KB	表示
CIF形式データ	8imu_validation.cif.gz	64.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8imu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8imu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hs0C 8ikzC 5ze4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic

B: Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.120, 135.120, 136.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 4 through 46 or resid 48...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 4 through 46 or resid 48...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	SER	SER	ASP	ASP	A	A	4 - 46	4 - 46
d_1	2	ASP	ASP	THR	THR	A	A	48 - 65	48 - 65
d_1	3	ASN	ASN	LEU	LEU	A	A	67 - 73	67 - 73
d_1	4	GLU	GLU	ASN	ASN	A	A	75 - 92	75 - 92
d_1	5	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	94 - 100	94 - 100
d_1	6	MET	MET	GLY	GLY	A	A	102 - 106	102 - 106
d_1	7	CYS	CYS	ASP	ASP	A	A	108 - 119	108 - 119
d_1	8	ILE	ILE	PRO	PRO	A	A	121 - 137	121 - 137
d_1	9	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	144 - 552	144 - 552
d_1	10	GLY	GLY	GLU	GLU	A	A	554 - 574	554 - 574
d_1	11	FES	FES	FES	FES	A	C	601
d_1	12	ACT	ACT	ACT	ACT	A	D	602
d_1	13	GOL	GOL	GOL	GOL	A	E	603
d_2	1	SER	SER	ASP	ASP	B	B	4 - 46	4 - 46
d_2	2	ASP	ASP	THR	THR	B	B	48 - 65	48 - 65
d_2	3	ASN	ASN	LEU	LEU	B	B	67 - 73	67 - 73
d_2	4	GLU	GLU	ASN	ASN	B	B	75 - 92	75 - 92
d_2	5	ILE	ILE	ILE	ILE	B	B	94 - 100	94 - 100
d_2	6	MET	MET	GLY	GLY	B	B	102 - 106	102 - 106
d_2	7	CYS	CYS	ASP	ASP	B	B	108 - 119	108 - 119
d_2	8	ILE	ILE	PRO	PRO	B	B	121 - 137	121 - 137
d_2	9	PRO	PRO	ASN	ASN	B	B	144 - 552	144 - 552
d_2	10	GLY	GLY	GLU	GLU	B	B	554 - 574	554 - 574
d_2	11	FES	FES	FES	FES	B	F	601
d_2	12	ACT	ACT	ACT	ACT	B	G	602
d_2	13	GOL	GOL	GOL	GOL	B	H	603

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.00054509852578, -0.999999804775, -0.000305479706559), (-0.99999924729, 0.000544762381128, 0.00109938792527), (-0.00109922129679, 0.000306078751358, -0.999999349014) ...

#1: タンパク質	Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic / AthDHAD / DAD 分子量: 61186.852 Da / 分子数: 2 / 変異: K559A, K560A, V497F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DHAD, At3g23940, F14O13.13 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LIR4, dihydroxy-acid dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0 1.5 M ammonium sulfate / PH範囲: 4.5-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→48 Å / Num. obs: 95022 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 1.473 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4650 / CC_1/2: 0.87 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZE4

5ze4

解像度: 1.93→48 Å / SU ML: 0.2234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8362
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	4701	4.96 %
R_work	0.1816	89984	-
obs	0.1829	94685	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7770	0	28	594	8392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087	8132
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0384	11006
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0572	1246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	1446
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.0793	1164

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.256938704383 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.95	0.337	153	0.3354	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.95-1.97	0.3186	169	0.2979	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.97-2	0.3077	173	0.2805	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2-2.02	0.2854	146	0.2577	2986	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.02-2.05	0.2879	151	0.2468	2949	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.05-2.08	0.3192	158	0.2321	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.08-2.11	0.2556	158	0.2136	2966	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.11-2.14	0.252	118	0.2024	3000	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.14-2.17	0.2155	114	0.195	3000	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.17-2.21	0.2599	169	0.1955	2953	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.21-2.25	0.2174	173	0.1926	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.25-2.29	0.2191	174	0.1927	2978	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.29-2.33	0.2143	156	0.1911	2969	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.33-2.38	0.2093	155	0.1847	2979	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.38-2.43	0.2239	168	0.1874	2963	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.43-2.49	0.2369	151	0.1914	2982	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.49-2.55	0.2274	166	0.1875	2981	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.55-2.62	0.2381	127	0.1857	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.62-2.7	0.2102	164	0.1833	3008	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.7-2.78	0.1995	165	0.1766	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.88	0.1938	164	0.1769	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.88-3	0.1877	157	0.1804	3020	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3-3.13	0.2294	157	0.1825	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.3	0.2085	131	0.1784	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.51	0.1912	167	0.1655	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.78	0.1643	197	0.159	3013	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.78-4.16	0.1875	139	0.1459	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.76	0.1534	156	0.1408	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-5.99	0.2045	156	0.1788	3134	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.99-48	0.1987	169	0.1892	3141	X-RAY DIFFRACTION	95.94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.7948686697 Å / Origin y: -24.9042737375 Å / Origin z: 0.532842918962 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.193966339846 Å²	-0.013873213689 Å²	0.00615529708653 Å²	-	0.191806112449 Å²	-0.00828202556556 Å²	-	-	0.176757009122 Å²
L	0.426245066541 °²	0.193551054089 °²	-0.0631292124069 °²	-	0.491176870232 °²	-0.0464980450977 °²	-	-	0.326976664908 °²
S	-0.00267477822982 Å °	0.0186171914785 Å °	-0.0328960951317 Å °	-0.0124645659248 Å °	0.00194927697486 Å °	-0.0247880058584 Å °	-0.0230063665716 Å °	-0.0344497939186 Å °	-3.78039406246E-6 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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