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- PDB-8ilu: Crystal structure of mouse Galectin-3 in complex with small molec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ilu
タイトルCrystal structure of mouse Galectin-3 in complex with small molecule inhibitor
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Fibrosis / Galactose
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immunological synapse formation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / cornified envelope / negative regulation of endocytosis / IgE binding / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / immunological synapse / glial cell projection / extracellular matrix organization / Neutrophil degranulation ...negative regulation of immunological synapse formation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / cornified envelope / negative regulation of endocytosis / IgE binding / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / immunological synapse / glial cell projection / extracellular matrix organization / Neutrophil degranulation / extracellular matrix / RNA splicing / skeletal system development / spliceosomal complex / mRNA processing / carbohydrate binding / : / cell differentiation / external side of plasma membrane / innate immune response / cell surface / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIOCYANATE ION / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kumar, A. / Jinal, S. / Raman, S. / Ghosh, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Identification of benzothiazole derived monosaccharides as potent, selective, and orally bioavailable inhibitors of human and mouse galectin-3; a rare example of using a S·· ...タイトル: Identification of benzothiazole derived monosaccharides as potent, selective, and orally bioavailable inhibitors of human and mouse galectin-3; a rare example of using a S···O binding interaction for drug design.
著者: Liu, C. / Wang, W. / Feng, J. / Beno, B. / Raja, T. / Swidorski, J. / Manepalli, R.K.V.L.P. / Vetrichelvan, M. / Rao Jalagam, P. / Nair, S.K. / Gupta, A. / Panda, M. / Ghosh, K. / ...著者: Liu, C. / Wang, W. / Feng, J. / Beno, B. / Raja, T. / Swidorski, J. / Manepalli, R.K.V.L.P. / Vetrichelvan, M. / Rao Jalagam, P. / Nair, S.K. / Gupta, A. / Panda, M. / Ghosh, K. / Kaushikkumar Shukla, J. / Sale, H. / Shah, D. / Singh Gautam, S. / Patel, D. / Mathur, A. / Ellsworth, B.A. / Cheng, D. / Regueiro-Ren, A.
履歴
登録2023年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
B: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1106
ポリマ－32,9102
非ポリマー1,2004
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.730, 49.600, 60.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / IgE-binding protein / L-34 galactoside-binding lectin / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 16454.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lgals3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16110
#2: 化合物 ChemComp-Q1L / (2R,3R,4R,5R,6S)-2-(hydroxymethyl)-6-[2-(2-methyl-1,3-benzothiazol-6-yl)-1,2,4-triazol-3-yl]-4-[4-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]oxane-3,5-diol


分子量: 559.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20F3N7O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 30 % PEG 6K, 0.100M TRIS PH8.2, 0.400M NASCN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.43 Å / Num. obs: 21379 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Num. unique obs: 1602 / Rrim(I) all: 0.206 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→31.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.956 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN TH INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1072 4.8 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.167 21379 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20.22 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2166 0 82 193 2441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.022327
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1783174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.822281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.312108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.717374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1818
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.165350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0122080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.00114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3161109
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 75 -
Rwork0.206 1602 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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