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万見
- PDB-8il3: Cryo-EM structure of CD38 in complex with FTL004 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8il3
タイトルCryo-EM structure of CD38 in complex with FTL004
要素
  • ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
  • Heavy chain
  • Light chain
キーワードHYDROLASE / monoclonal antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / positive regulation of vasoconstriction / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / response to progesterone / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / female pregnancy / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / transferase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Yang, J. / Wang, Y. / Zhang, G.
資金援助 中国, 英国, 11件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070049 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32222040 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81872907 中国
Other government2020YFSY0025
Other government2021YJ0454
Other government2019YFS0003
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1301900 中国
Other government20822041D4057
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2021-I2M-5-075 英国
Other government2018ZX09201018-021
Other government2017ZX09302010
引用ジャーナル: J Hematol Oncol / 年: 2022
タイトル: FTL004, an anti-CD38 mAb with negligible RBC binding and enhanced pro-apoptotic activity, is a novel candidate for treatments of multiple myeloma and non-Hodgkin lymphoma.
著者: Guangbing Zhang / Cuiyu Guo / Yan Wang / Xianda Zhang / Shuang Liu / Wen Qu / Chunxia Chen / Lingli Yan / Zhouning Yang / Zhixiong Zhang / Xiaohua Jiang / Xiaofeng Chen / Hong Liu / Qinhuai ...著者: Guangbing Zhang / Cuiyu Guo / Yan Wang / Xianda Zhang / Shuang Liu / Wen Qu / Chunxia Chen / Lingli Yan / Zhouning Yang / Zhixiong Zhang / Xiaohua Jiang / Xiaofeng Chen / Hong Liu / Qinhuai Lai / Xian Wei / Ying Lu / Shengyan Zhao / Han Deng / Yuxi Wang / Lin Yu / Hongbin Yu / Yu Wu / Zhaoming Su / Pengyu Chen / Ziqing Ren / Meng Yu / Feng Qu / Yong Luo / Lantu Gou / Qing Li / Ying Huang / Fanxin Ma / Jinliang Yang /
要旨: Anti-CD38 monoclonal antibodies (mAbs), daratumumab, and isatuximab have represented a breakthrough in the treatment of multiple myeloma (MM). Recently, CD38-based mAbs were expected to achieve ...Anti-CD38 monoclonal antibodies (mAbs), daratumumab, and isatuximab have represented a breakthrough in the treatment of multiple myeloma (MM). Recently, CD38-based mAbs were expected to achieve increasing potential beyond MM, which encouraged us to develop new anti-CD38 mAbs to meet clinical needs. In this study, we developed a novel humanized anti-CD38 antibody, FTL004, which exhibited enhanced pro-apoptotic ability and negligible binding to red blood cells (RBCs). FTL004 presented a better ability to induce direct apoptosis independent of Fc-mediated cross-linking against lymphoma and MM cell lines as well as primary myeloma cells derived from MM patients. For instance, FTL004 induced RPMI 8226 cells with 55% early apoptosis cells compared with 20% in the isatuximab-treated group. Of interest, FTL004 showed ignorable binding to CD38 on human RBCs in contrast to tumor cells, even at concentrations up to 30 μg/mL. Furthermore, with an engineered Fc domain, FTL004 displayed stronger antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC) against CD38+ malignant cells. In vivo MM and non-Hodgkin lymphoma tumor xenograft models showed that FTL004 possessed an effective anti-tumor effect. Cryo-electron microscopy structure resolved two epitope centers of FTL004 on CD38: one of which was unique while the other partly overlapped with that of isatuximab. Taken together, FTL004 distinguishes it from other CD38 targeting mAbs and represents a potential candidate for the treatment of MM and non-Hodgkin lymphoma.
履歴
登録2023年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年3月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light chain
B: Heavy chain
C: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5823
ポリマ－73,5823
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 Light chain


分子量: 23929.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Heavy chain


分子量: 22817.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / 2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase 1 / ADPRC 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 26834.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of CD38 in complex with FTL004 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2826 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 752 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34435 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0085381
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.2077312
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.2743220
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.073812
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.012942

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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